如何使用h5py覆盖h5文件内的数组

Question

我试图覆盖一个numpy数组，它是一个相当复杂的h5文件的一小部分。

我正在提取一个数组，更改一些值，然后希望重新将该数组插入到h5文件中。

我没有问题提取嵌套的数组。

f1 = h5py.File(file_name,'r')
X1 = f1['meas/frame1/data'].value
f1.close()

我的尝试代码看起来像这样，但没有成功：

f1 = h5py.File(file_name,'r+')
dset = f1.create_dataset('meas/frame1/data', data=X1)
f1.close()

作为一个合理性检查，我使用以下代码在Matlab中执行了这个操作，而且没有任何问题。

h5write(file1, '/meas/frame1/data', X1);

有人有关于如何成功地做到这一点的建议吗？

- user3508433

Answer 1

你想分配数值，而不是创建数据集：

f1 = h5py.File(file_name, 'r+')     # open the file
data = f1['meas/frame1/data']       # load the data
data[...] = X1                      # assign new values to data
f1.close()                          # close the file

确认更改已经正确地进行并保存：

f1 = h5py.File(file_name, 'r')
np.allclose(f1['meas/frame1/data'].value, X1)
#True

- askewchan

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data[...] = X1 非常关键！不要犯把 data = X1 的错误。 - pattivacek

第二个代码块只是用来检查是否一切都已关闭，对吧？因此前四行才是真正的工作。 - Dusch

另一个需要注意的地方是，您必须覆盖完整的单个数据点；因此，如果您的数据是例如 3D 点，则必须更新完整的 3D 点。对于数据点的一个元素的更改（例如仅 Z 坐标），将不会改变任何内容。 - Oliver Zendel

@Dusch，你说得对，这只是一个检查，前四行代码已经完成了任务，但实际上它并没有关闭任何东西，而是检查值是否匹配。请参阅np.allclose。 - askewchan

如果我们只是更新数据集的一部分，那么是否需要使用“附加”操作符？例如，如果我们执行data[5:] = X1，其中len(data) = len(X1)+5，是否需要使用“附加”操作符？ - Bremsstrahlung

Answer 2

askewchan的回答描述了如何操作（您不能创建一个已经存在的数据集名称，但您可以修改数据集的数据）。然而，请注意，数据集必须与您正在写入的数据(X1)具有相同的形状。如果您想要用不同形状的其他数据集替换该数据集，您首先需要删除它：

del f1['meas/frame1/data']
dset = f1.create_dataset('meas/frame1/data', data=X1)

- weatherfrog

Answer 3

不同的场景：

1. 数据集的部分更改

with h5py.File(file_name,'r+') as ds:
  ds['meas/frame1/data'][5] = val # change index 5 to scalar "val"
  ds['meas/frame1/data'][3:7] = vals # change values of indices 3--6 to "vals"

2. 更改数据集中的每个值（数据集大小相同）

with h5py.File(file_name,'r+') as ds:
  ds['meas/frame1/data'][...] = X1 # change array values to those of "X1"

3. 将数据集覆盖为不同大小的数据集

with h5py.File(file_name,'r+') as ds:
  del ds['meas/frame1/data'] # delete old, differently sized dataset
  ds.create_dataset('meas/frame1/data',data=X1) # implant new-shaped dataset "X1"

由于文件对象是上下文管理器，使用with语句是一种很好的方式来封装您的代码，并在完成数据集更改后自动关闭。 （如果您只需要读取数据，则不要处于读/写模式！）

- William Black