Sbatch: 将作业名称作为输入参数传递

Question

我有以下脚本用于提交slurm作业：

#!/bin/sh
#!/bin/bash
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2

第一个参数（$1）是我的输入，第二个参数（$2）是我的输出，我希望第三个参数（$3）成为我的作业名称。如果我这样做，作业名称就是“$3”。我该如何将作业名称作为脚本的参数进行传递呢？

谢谢。

- Laetis

Answer 1

SSBATCH指令被shell视为注释，并且不会对$3进行变量替换。有几种解决方案：

选项1：在命令行上传递-J参数：

sbatch -J thejobname submission_script.sh input.data output.res

选项2：通过stdin传递脚本，将位置参数（$1，$2等）替换为命名参数。

IN=input.data OUT=output.res NAME=thejobname <submission_script.sh sbatch 

选项3：编写一个包装器

#!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/sh
#SBATCH -J $3 #job_name 
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

nwchem $1 > $2
EOT

然后像这样使用它：

submit.sh input.data output.red thejobname

注意第二个shebang (#!/bin/bash) 是无用的，会被（父级）shell 忽略。

- damienfrancois

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当您使用这种方法时，SLURM_SUBMIT_DIR会发生什么？ - PartialOrder

选项1对我有效。我执行了sbatch -J $3 run.sh，并且在squeue中正确反映了作业名称。 - user0193

Answer 2

假设您已经安装了`srun`和`sbatch`，您可以在`sbatch`脚本中运行一个`srun`一行命令。大部分`sbatch`参数也可以与`srun`一起使用。

#!/bin/sh
#!/bin/bash
#SBATCH -n 1 #Number of processors
#SBATCH -p CA 

srun nwchem -J $3 $1 > $2

- H.Alzy