在文件输出中使用SBATCH作业名称作为变量

Question

使用SBATCH，您可以使用以下语法在自动生成的输出文件中使用作业ID：%j：

#!/bin/bash
# omitting some other sbatch commands here ... 
#SBATCH -o slurm-%j.out-%N # name of the stdout, using the job number (%j) and the first node (%N)
#SBATCH -e slurm-%j.err-%N # name of the stderr, using job and first node values

我一直在寻找一种类似的语法，可以使用作业名称而不是作业ID。有没有人知道其他 slurm/sbatch 值可以在 %j 样式语法中引用的参考资料？

- ctesta01

Answer 1

在最新的SLURM版本中，有一个%x选项代表作业名称。 请参阅Github上的“Slurm 17.02.1变更”部分： https://github.com/SchedMD/slurm/blob/master/NEWS 然而，在许多当前的集群中，slurm版本比较老，这个选项未被实现。您可以查看您系统上slurm调度器的版本：

sbatch --version

然而，有一个解决办法。您可以创建自己的bash脚本，该脚本可以将名称作为参数，创建一个提交脚本，其中使用该名称作为工作名称和输出文件，然后进行提交。例如，您可以创建一个名为submit.sh的脚本：

#!/bin/bash

echo "#!/bin/bash" > jobscript.sh
echo "#SBATCH -o $1-%j.out-%N" >> jobscript.sh
echo "#SBATCH -e $1-%j.err-%N" >> jobscript.sh
echo "#SBATCH -J $1" >> jobscript.sh   
#other echo commands with SBATCH options

echo "srun mycommand" >> jobscript.sh


#submit the job
sbatch jobscript.sh

然后使用与您要为作业分配的作业名称相对应的参数执行它：

bash ./submit.sh myJobName

- Katia