如何在热力图中显示图例？

Question

如何在热力图中显示图例？

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问题实际上非常简单，但我无法找到解决方法。

如何绘制热力图及其图例，即表示所绘制的最小值和最大值的颜色比例条？

我阅读了heatmap()函数的帮助，并使用基本的R语言，如此处所述： r-graph-gallery.com heatmaps 这就是我正在做的。

heatmap(as.matrix(dataSet[, -1]), Colv = NA, Rowv = NA, scale="column", xlab="something", ylab="", main="A title", labRow=dataSet$labels, labCol=colnames(dataSet[, -1]), col= colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(25))

它的运行非常完美，但我仍然想绘制一个图例。有什么方法可以做到这一点吗？

这是我正在处理的数据集的样本。第一行是标题。

labels  6   1   4   8   3   2   9   7   5
aaa1    2   2   11  0   0   0   0   0   0
aaa2    3   3   16  0   0   0   0   0   0
aaa3    1   4   15  0   0   0   0   0   0
aaa4    1   6   17  0   0   0   0   0   4
aaa10   1   2   16  0   0   0   0   0   0
bbb11   1   0   2   0   1   2   1   0   0
bbb12   0   1   10  1   0   1   2   3   0
bbb13   1   0   0   0   2   0   0   0   0

- gabt

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Dave2e · Accepted Answer

你需要将 legend 函数作为单独的一行添加。

library(RColorBrewer)

dataSet<-read.table(header=TRUE, text="labels  6   1   4   8   3   2   9   7   5
aaa1    2   2   11  0   0   0   0   0   0
aaa2    3   3   16  0   0   0   0   0   0
aaa3    1   4   15  0   0   0   0   0   0
aaa4    1   6   17  0   0   0   0   0   4
aaa10   1   2   16  0   0   0   0   0   0
bbb11   1   0   2   0   1   2   1   0   0
bbb12   0   1   10  1   0   1   2   3   0
bbb13   1   0   0   0   2   0   0   0   0")

heatmap(as.matrix(dataSet[, -1]), Colv = NA, Rowv = NA, 
        scale="column", xlab="something", ylab="", main="A title", 
        labRow=dataSet$labels, labCol=colnames(dataSet[, -1]), 
        col= colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(25))

legend(x="bottomright", legend=c("min", "ave", "max"), 
     fill=colorRampPalette(brewer.pal(8, "Oranges"))(3))

由于您是按列缩放的，我不确定期望的范围应该是什么。在上面的示例中，我假设图例中有3个级别。为了更好地放置图例，您可以调整x选项或指定x和y坐标。有关更多详细信息，请参见?legend。