我该如何将多个目录中的多个文件读入R以进行处理？

Question

我正在进行一项模拟研究，并需要处理和保存来自多个文本文件的结果。我的数据组织方式是，有子目录，在每个子目录中，我需要处理并获取1000个数据文件的单个结果。在SAS中，使用宏非常容易实现此操作。但是，我是R的新手，无法弄清如何执行此操作。以下是我想要实现的内容。

DATA Folder-> DC1 -> DC1R1.txt ... DC1R1000.txt
              DC2 -> DC2R1.txt ... DC2R1000.txt

任何帮助都将不胜感激！

- Stefanie

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尝试使用 list.files。http://stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+list.files - Roman Luštrik

Answer 1

我现在不在使用R的电脑旁边，但是可以阅读与文件相关的函数帮助文档:

dir 函数会列出文件和目录。 它具有递归参数。 list.files 是 `dir` 的别名。`file.info` 函数将告诉您(除其他外)，路径是否为目录，`file.path` 将组合路径部分。

basename 和 dirname 函数也可能很有用。

请注意，所有这些函数都进行了向量化处理。

编辑 现在在计算机旁边，所以这里有一个示例：

# Make a function to process each file
processFile <- function(f) {
  df <- read.csv(f)
  # ...and do stuff...
  file.info(f)$size # dummy result
}

# Find all .csv files
files <- dir("/foo/bar/", recursive=TRUE, full.names=TRUE, pattern="\\.csv$")

# Apply the function to all files.
result <- sapply(files, processFile)

- Tommy

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谢谢大家的回复！@Tommy.....你的编码到目前为止是有效的....希望一切顺利...我有768种数据条件，每个条件下有1000个模拟文件。处理起来需要一些时间，所以等完成后我会给出一个状态更新。 - Stefanie

Answer 2

如果你需要对每个文件运行相同的分析，那么你可以使用 list.files(recursive = T) 一次性访问它们。这是在假定你已经将工作目录设置为 Data Folder 的情况下。 recursive = T 还会列出所有子目录中的文件。

- Ramnath

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谢谢Ramnath。我从来没有用过list.files，但会尝试一下。Tommy的编码目前还可以。 - Stefanie

Answer 3

filenames <- list.files("路径/到/文件", recursive=TRUE) 这段代码会列出指定路径下及其子目录中的所有文件。

- Aditi

Answer 4

您可以使用 Perl 的 glob() 函数获取文件列表，并通过 RSPerl 接口将其发送到 R。

- Itamar

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嗨，Ltamar。我不熟悉Perl。我是一名统计学家，从未有过使用它的需要。尽管如此...我听说它非常强大。 - Stefanie