在ggplot2中添加趋势线/箱线图（按组）

Question

我有40个学科，分为两组，在15周内进行，其中有一些被测量的变量（Y）。

我希望有一个图表，其中：x轴表示时间，y轴表示T，每条线代表一个学科，颜色代表不同的组别。

我发现可以这样实现：

TIME <- paste("week",5:20)
ID <- 1:40
GROUP <- sample(c("a","b"),length(ID), replace = T)
group.id <- data.frame(GROUP, ID)
a <- expand.grid(TIME, ID)
colnames(a) <-c("TIME", "ID")
group.id.time <- merge(a, group.id)
Y <- rnorm(dim(group.id.time)[1], mean = ifelse(group.id.time$GROUP =="a",1,3) )
DATA <- cbind(group.id.time, Y)
qplot(data = DATA,
        x=TIME, y=Y, 
        group=ID,       
        geom = c("line"),colour = GROUP) 

但是现在我希望增加一些内容来展示两个组之间的差异（例如，每个组的趋势线，并带有一些CI阴影线）- 怎样才能实现呢？

我记得曾经看过ggplot2可以（轻松地）通过geom_smooth完成这项任务，但我不知道如何使其工作。

此外，我想也许可以将这些线条像盒须图那样呈现出来（每个组都有一个线条，表示不同的分位数和离群值等），但我想回答第一个问题将有助于我解决第二个问题。

谢谢。

- Tal Galili

Answer 1

p <- ggplot(data=DATA, aes(x=TIME, y=Y, group=ID)) +
            geom_line(aes(colour=GROUP)) +
            geom_smooth(aes(group=GROUP))

geom_smooth 绘图 http://img143.imageshack.us/img143/7678/geomsmooth.png

- rcs

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谢谢rcs。我如何将阴影SE更改为95％，而不是68％？ - Tal Galili

我想指出的是，默认的平滑间隔（在我所知道的范围内）并没有考虑到被试者内部存在的自相关性。纵向数据几乎肯定会具有相关结构。我真的很喜欢这种类型的图。 - Ian Fellows

您可以在stat_smooth中使用level（默认为0.95）：p+geom_smooth(level=0.95, aes(group=GROUP))。 - rcs

太好了，谢谢！最后一个问题 - 你在哪里找到这些参数的？ - Tal Galili

在相应的统计手册页面中（geom_smooth默认使用stat_smooth）。http://had.co.nz/ggplot2/stat_smooth.html - rcs

谢谢rcs！我可能弄错了，我以为geom_smooth()的默认置信区间设置为68%（+/- 1 sd）。如果您没有为geom_smooth()指定级别，它是否只是继承了它隐式调用的stat_smooth()的默认级别（即95%）？ - briandk