使用Python中的loadmat加载.mat和.m文件

Question

使用Python中的loadmat加载.mat和.m文件

matlabpython-3.xloading

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我正在学习神经网络课程，尝试使用scipy.io.loadmat(filename)从Python加载.mat文件，但是我一直收到以下错误信息：

ValueError: 未知的mat文件类型，版本101，58

同样的消息也出现在我尝试使用scipy.io.loadmat()加载.m文件而不是.mat文件时。

我不知道如何解决这个问题，所以非常感谢您能帮助我。

- user177196

@TasosPapastylianou：哇，非常感谢。那么我该如何在Python中加载/运行.m文件呢？ - user177196

6个回答

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针对再次遇到此问题的人们，您可以使用numpy.loadtxt()读取由Octave生成的.mat文件。

例如，在Octave中：

octave:1> arr1 = [1,2]
octave:2> arr2 = [2,3]
octave:3> save mydata.mat arr1 arr2

然后在Python解释器中读取mydata.mat：

>>> import numpy as np
>>> data = np.loadtxt('mydata.mat')
>>> data
array([[1., 2.],
       [2., 3.]])

- arilwan

如果您的.mat文件由具有相同维度的数组组成，则可能是这种情况。但是，.mat文件可以更加复杂。您可以拥有混合数据类型和不同维度的数组，甚至是嵌套数组。因此，在我看来，这不是一个真正的解决方案。 - steTATO

@steTATO，很好，你能否添加一个解决你所发现问题的答案？ - arilwan

使用scipy.io.loadmat的被接受答案对我很有帮助，但前提是我在保存.mat文件时选择了-v7选项。我也尝试过np.loadtxt，但正如我所说，它无法处理具有多个不同变量类型/形状的数据结构。 - steTATO

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您无法加载.m脚本文件。这些是MATLAB自己的脚本文件，它们包含MATLAB代码。函数scipy.io.loadmat无法解析此代码。

另一方面，该函数可以从MATLAB .mat文件中加载数据。这是MATLAB自己的数据格式，您可以在其中存储变量和数据，但不能存储代码。

参考：https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.io.loadmat.html。

- Ole Thomsen Buus

我该如何运行.m脚本文件？声明：我在学习神经网络的Coursera课程时遇到了这个问题。 - user177196

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更简单的方法是使用以下代码加载数据：

numpy.loadtxt('your dot mat file')

- Sajjad Mohammadian

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".mat" 文件不是一个 numpy 保存的文本文件，因此无法加载。 - Rahat Zaman

@RahatZaman numpy.loadtxt() 也适用于由Octave生成的.mat文件，至少是这样。 - arilwan

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你可以使用MATLAB Engine API来运行.m文件和MATLAB函数。它也可以加载.mat文件，但可能会有点慢。 https://www.mathworks.com/help/matlab/matlab-engine-for-python.html

- Yana Sosnovskaya

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scipy.io模块无法读取由较新的h5py格式保存的.mat文件。您可以尝试使用h5py模块来加载它。此外，通道优先级不同：列优先和行优先。

- Keddrick Yue

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可以查看英文原文，
原文链接

- Tasos Papastylianou · Accepted Answer

^{(将我的评论转换为答案)}

.m文件是matlab / octave脚本。您不会“加载”脚本，即使在matlab / octave中也是如此。您只能运行它，这可能会导致您可以将其保存到.mat文件中的特定工作区。

有适用于python的“matlab接口”，您可以使用它们从python会话中运行.m文件，例如官方的MATLAB Engine API for Python，如果您有较旧的matlab版本，则可以尝试在线查找其他python matlab接口（简单的谷歌搜索给了我pymatlab、mlab、mlabwrap等）。如果您的.m文件与octave兼容（并且您安装了octave），则还可以尝试oct2py接口，该接口已知工作得很好。安装了其中一个接口后，您可以尝试运行脚本，然后将工作区变量转移到python中，或者使用接口将其保存到.mat文件中，然后像通常一样使用scipy.io.loadmat将其加载回到python中。

至于.mat文件给您一个错误，最有可能的原因是它是较新版本的.mat规范，python尚未识别（您使用的matlab版本是什么？）。尝试在matlab（或octave）中加载.mat文件，并使用-v7选项重新保存。然后python应该能够毫无问题地打开它。

编辑:这里是一个示例，通过oct2py运行一个octave脚本，将生成的octave工作区保存到.mat文件中，并通过scipy.io.loadmat将.mat文件加载到python中。

%% file myscript.m located at /home/tasos/Desktop
a = 1
b = 2
c = 3

# from python:
from oct2py import octave as oct
oct.eval("cd /home/tasos/Desktop")
oct.eval("myscript")
oct.eval("save -v7 myworkspace.mat")

from scipy.io import loadmat
D = loadmat("/home/tasos/Desktop/myworkspace.mat")
print D.keys() 
#>>> ['a', 'c', 'b', '__header__', '__globals__', 'ans', '__version__']
print D['a'], D['b'], D['c']
#>>> [[ 1.]] [[ 2.]] [[ 3.]]