“module”对象不可调用 - Bio.IUPAC

Question

当我尝试时，

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)

为什么我会遇到以下错误：

TypeError: 'module' object is not callable

PS: 这是 BioPython 的菜谱中的一个例子。

- Saif al Harthi

Answer 1

在BioPython源代码中，“Seq”类位于路径“/Seq/Seq.py”中的文件“Seq.py”中。

意思是...您需要导入名为“Seq”的文件（即“模块”），然后在该“模块”“Seq”中调用“Seq”类。

所以请尝试这样做：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

如果你在Python中对于你正在导入和调用的内容感到困惑，你可以这样做：

import Bio.Seq
print type(Bio.Seq)
>>> <type 'module'>
print type(Bio.Seq.Seq)
>>> <type 'classobj'>

- Ben DeMott

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通常情况下，当您看到这种模式时，库的作者可能希望您编写 from Bio.Seq import Seq。然后像在您的问题中一样使用 Seq 类。 - Wesley

请注意，自从这个提交以来，Seq已成为新式类。因此现在print type(Bio.Seq.Seq)将返回<type'type'>。 - BioGeek

Answer 2

Ben给出了一个很清晰的答案，解释了问题。我猜你复制了错误的例子。

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)
>>> my_prot
Seq('AGTACACTGGT', IUPACProtein())
>>> my_prot.alphabet
IUPACProtein()

至少目前它是这样说的 http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

请注意，如果Biopython在模块中使用seq（小写）并使用Seq（标题大小写）用于类，就可以避免混淆的原因 - 这现在是Python推荐的做法，请参见http://www.python.org/dev/peps/pep-0008/。

- Peter Cock