检查R中已安装的软件包。

Question

根据这个问题的答案：Elegant way to check for missing packages and install them?。我使用以下代码来确保在升级 R 或设置其他用户时安装所有包：

list.of.packages <- c("RODBC", "reshape2", "plyr")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

我已经将它放在我的.Rprofile的.First函数中，但是当我启动R时，它会给出以下错误并继续启动:

Error in match(x, table, nomatch = 0L) : 
  could not find function "installed.packages"

如果我在提示后运行代码，它就可以正常工作。有什么想法吗？

谢谢！

- sinclairjesse

Answer 1

从阅读 ?Startup 的内容看，似乎有以下情况：

接下来，在搜索路径中查找函数 .First，如果找到，则执行 .First()。最后，运行基础包中的函数 .First.sys()，该函数调用 require 来附加由 options("defaultPackages") 指定的默认包。

现在，installed.packages 在 utils 包中，这通常是默认包之一。因此，在调用 .First 时不可用。

也许可以尝试将 installed.packages 替换为 utils::installed.packages？

正如 Josh 在下面指出的那样，我的眼睛略过了直接解决此问题的部分，即：

请注意，在加载网站和用户配置文件时，仅加载基础包，因此需要通过例如 utils::dump.frames 引用其他包中的对象或在明确加载相关包之后才能引用。

- joran

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或者（如在?Startup中稍早描述的那样），您可以使用utils::installed.packages，或者首先使用require(utils)显式加载该包。 - Josh O'Brien

太棒了。使用utils::installed.packages和utils::install.packages函数就可以解决问题。感谢Josh和Joran！ - sinclairjesse