GenomicRanges包中重叠片段的宽度

Question

GenomicRanges包中重叠片段的宽度

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我正在使用GenomicRanges来查找一个实验中的转录本与另一个实验中的转录本重叠的情况。

head(to_ranges1)
   knowngene  chr strand Start    Gene
1 uc001aaa.3  chr1    +  9873 16409   DDX11L1
2 uc001aac.4  chr1    - 12361 31370  WASH7P
3 uc001aae.4  chr1    - 12361 21759  WASH7P
library(GenomicRanges)
object_one<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene,Gene=Gene)
object_two<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene, Gene=Gene))
mm<-findOverlaps(object_one,object_two)
solution <- data.frame(as.data.frame(object_one[as.matrix(mm)[,1],]),
                       as.data.frame(object_two[as.matrix(mm)[,2],]))

我需要找到解决方案数据框中两个碰撞结果之间重叠部分的宽度，但我只能获得与重叠程序之前的原始转录本相关的宽度。请问你能帮我吗？

- user976991

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- agstudy · Accepted Answer

您可以在hits类（即findOverlaps的结果）上应用ranges函数。ranges返回一个Ranges对象，该对象包含查询和主题范围交集中的范围。

由于没有提供可重现的示例，因此这里提供一个示例：

query <- IRanges(c(1, 4, 9), c(5, 7, 10))
subject <- IRanges(c(2, 2, 10), c(2, 3, 12))
mm <- findOverlaps(query,subject)
ranges(mm,query,subject)
Ranges of length 3
    start end width
[1]     2   2     1
[2]     2   3     2
[3]    10  10     1