将原始数据保存为tif格式。

Question

我需要分析tif文件中的一个部分图像，该部分被选为子矩阵。我希望得到的图像是原始格式，没有任何修饰（如缩放、坐标轴、标签等）...我该怎么做？

这是我现在使用的代码：

 submatrix = im[x_min:x_max, y_min:y_max]
 plt.imshow(submatrix)
 plt.savefig("subplot_%03i_%03i.tif" % (index, peak_number), format = "tif")

- albus_c

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我猜测 plt 是指 matplotlib.pyplot。 - Janne Karila

这里可能有一些有用的东西：[https://dev59.com/tGsy5IYBdhLWcg3w8CfJ] - Matthew Wesly

可能是Matplotlib绘图：去除轴、图例和空白的重复问题。 - Janne Karila

谢谢Matthew，它有效了。有人知道为什么像素比预期的多得多吗？我想在[x_min:x_max, y_min:y_max]范围内每个值只有一个像素。 - albus_c

Answer 1

首先，如果你只是想存储原始值或原始值的灰度表示，最简单的方法就是使用PIL。

例如，以下代码将生成一个10x10的灰度TIF文件：

import numpy as np
import Image

data = np.random.randint(0, 255, (10,10)).astype(np.uint8)
im = Image.fromarray(data)
im.save('test.tif')

关于您关于为什么matplotlib版本具有更多像素的问题，这是因为您隐含地告诉它了。Matplotlib图形具有大小（以英寸为单位）和dpi（默认情况下，在屏幕上为80，在保存时为100）。此外，默认情况下，imshow将插值您数组中的值，即使您将插值设置为最近，保存的图像仍将是您为图形指定的大小。

如果您想使用matplotlib将图形保存为一个值对应一个像素（例如，允许轻松使用颜色映射），请执行类似于以下操作：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

dpi = 80 # Arbitrary. The number of pixels in the image will always be identical
data = np.random.random((10, 10))

height, width = np.array(data.shape, dtype=float) / dpi

fig = plt.figure(figsize=(width, height), dpi=dpi)
ax = fig.add_axes([0, 0, 1, 1])
ax.axis('off')

ax.imshow(data, interpolation='none')
fig.savefig('test.tif', dpi=dpi)

- Joe Kington

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我按照Joe建议的更改进行了修改，但出现了以下错误：“ValueError: too many values to unpack”，即在height, width = np.array(data.shape, dtype=float) / dpi处。我应该做哪些更改？ - albus_c

@albus_c - 听起来你有一个三维数组？data.shape是什么样子的？如果它是一个三维数组，你需要做类似于height, width, nbands = ...这样的操作。 - Joe Kington

@albus_c - 另外，如果你正在处理多波段图像，只需使用“Image”（又名“PIL”）直接将其保存为tif即可。我假设你想根据颜色映射表对单波段图像进行着色（顺便说一下，这也可以用PIL完成，但构建颜色映射表更加困难）。 - Joe Kington

谢谢你的建议！我现在对得到的彩色图像感到满意（我只需要它们来检查我是否考虑了正确的区域）。 - albus_c

使用 PILLOW（旨在取代 PIL），可以通过 pip install PILLOW 安装该软件包，并通过 from PIL import Image 导入。您需要将图像转换为 0-255 范围内的 uint8 格式（如示例所示），并将单通道图像展平为二维图像。其余步骤与 PIL 示例相同。 - Josiah Yoder