如何让ggplot2绘图更漂亮？

Question

我使用接下来的R代码生成了以下图表：

ggplot(lengths, aes(length, fill = library)) + geom_density(alpha = 0.2) + coord_cartesian(xlim = c(0, 60000)) 

现在我想让图形更漂亮一些：

1. 将x轴显示每5000个单位的长度（而不是每20000个单位）
2. 在三个峰值（大约3000、5000和35000）上方添加x值。

我该怎么做呢？ 更新 回应James：

- David B

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顺便说一句，那个绘图真的很吸引人。 - davidtbernal

你可以从峰值向 x 轴添加一条竖线。 geom_segment(data = peakdat, aes(x=x, xend=x, y=y, yend=0)) 可以实现这一点，其中 peakdat 是来自 Ben B 的答案。 - Richie Cotton

Answer 1

怎么样：

（首先创建一个可复制的示例）

set.seed(1001)
lengths <- data.frame(length=c(rgamma(1000,shape=10,scale=500),
                    10000+rgamma(1000,shape=5,scale=700),
                    rnorm(500,mean=30000,sd=2000)),
                  library=factor(rep(2:1,c(2000,500))))

（可爱的东西，用于查找峰值位置和高度）

peakfun <- function(x) {
  d <- density(x$length)
  peaks <- which(diff(sign(diff(d$y)))==-2)
  data.frame(x=d$x[peaks],y=d$y[peaks])
}

peakdat <- ddply(lengths,.(library),peakfun)
peakdat <- peakdat[-1,] ## drop spurious peak

（绘制图表）

library(ggplot2)
ggplot(lengths, aes(length, fill = library)) +
  geom_density(alpha = 0.2) +
  scale_x_continuous(limits = c(0,60000),
                     breaks = seq(0,60000,by=5000))+
  geom_text(data=peakdat,aes(x=x,y=y,label=round(x)),vjust=1)

你可能想微调标签的垂直高度。

- Ben Bolker

Answer 2

1: + scale_x_continuous(breaks=rep(5000,12))。

您还可以使用limits在此处放置xlim声明，例如：

+ scale_x_continuous(breaks=rep(5000,12),limits=c(0,60000))

2: 对于标签，您可以使用annotate()或geom_text()。有关示例，请参见此帖子。不过，您需要自己计算数值。

- James

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添加xlim声明似乎不起作用。查看原帖以了解我得到的内容。 - David B

抱歉，这里使用的是 limits 而不是 xlim，已经编辑原帖以更好地解释。 - James