Numpy CSV脚本出现“ValueError: setting an array element with a sequence”错误。

Question

我有一个Python脚本，可以成功地将CSV文件加载到2D NumPy数组中，并成功提取所需单元格的值，该单元格是基于其列和行标题值确定的。为了诊断目的，我让脚本在将数据矩阵放入NumPy数组之前打印出其内容。当底层CSV文件的数据包含所有行/列的值时，该脚本可以正常工作。问题在于，如果我在空白行/列的CSV文件上运行脚本，则会引发错误。我尝试通过在Notepad++中打开CSV文件并从文件末尾删除尽可能多的内容来解决这个问题。Notepad++只允许我删除一行，但没有指示有任何空列。经过对Python打印输出和底层数据结构之间关系的更深入检查，我看到Python打印命令显示数组末尾有两个空列。无论如何，在编辑CSV文件后，当我运行脚本时，我仍然得到相同的数据打印输出，并且它仍然引发相同的错误，就好像我没有从CSV文件末尾删除空行一样。我检查了是否保存了CSV文件，打开和关闭了CSV文件几次，并关闭并重新打开了Python几次，但错误仍然存在。

我的问题是： 如何修改下面的脚本以避免此错误？

这是我上面提到的函数：

def GetHSD_alpha(NumberOfColumnMeans,dfResid):  
    dirname=os.path.dirname(os.getcwd())  
    resources=os.path.join(dirname,'resources')  
    inputfile=os.path.join(resources,'CriticalValuesOfTukeysHSD_a_0_01.csv')  
    separator=','  
    ColumnIndex=NumberOfColumnMeans  
    RowIndex=dfResid  
    cast = p.cast  
    data = [[] for dummy in xrange(13)]  
    for line in open(inputfile, 'r'):  
        fields = line.strip().split(separator)  
        for i, number in enumerate(fields):  
            data[i].append(number)  

    print 'data HSD alpha is:  ',data
    time.sleep(2)

    CriticalValuesArray=p.array(data)
    HSD_alpha_0_01=CriticalValuesArray[ColumnIndex,RowIndex]

return HSD_alpha_0_01

此外，供参考，这是打印出导致错误的数据的缩写版本。请注意末尾的空元素，我无法在运行脚本之前手动删除它们：

数据 HSD alpha 为：[[''，'5'，'6'，'7']，['2'，'5.7'，'5.24'，'4.95']，['3'，'6.98'，'6.33'，'5.92']，['11'，'10.48'，'9.3'，'8.55']，[]，[]]

另外，供参考，这是从另一个csv文件中导入脚本进行诊断目的的数据的缩写版本。下面打印输出对应的数据没有导致脚本抛出错误：

数据 HSD alpha 为：[[''，'1'，'2'，'3']，['1'，'4052'，'98.49'，'34.12']，['2'，'4999'，'99.01'，'30.81']，['3'，'5403'，'99.17'，'29.46']]

同样，当我在Notepad++中打开底层csv文件时，似乎没有任何空列或行，并且我已经仔细检查了这些数据文件。

最后，我想象一下，空行/列的数量可能会有所变化，因此任何解决方案都需要能够处理可变数量的空行/列。

提前感谢。

- MedicalMath

Answer 1

找到了答案。 我需要更改以下代码行：

data = [[] for dummy in xrange(11)]

xrange需要设置为11而不是13。

简单的答案，但需要大量挖掘。 这个线程已经得到解答/完成。

- MedicalMath

Answer 2

为什么要编写自己的CSV加载器？ numpy.loadtxt？或者在您的情况下使用缺失值： numpy.genfromtxt

- tillsten