卡方检验错误 "卡方近似可能不正确"

Question

卡方检验错误 "卡方近似可能不正确"

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我在R中运行了卡方检验，结果如下：

crianza = matrix(c(1,1,0,12,12,7,2,1,0,0,1,0,0,0,5,
      0,0,0,1,1,2,0,0,3,0,0,0,13,35,29,0,0,1,10,
      0,0,1,0,0,0,0,0),ncol=3,byrow=TRUE)
colnames (crianza) = c("Neonate","Juevenile","Adult")
rownames (crianza) = c("C.acronotus","C.limbatus","C.obscurus","C.perezi",
 "C.porosus","C.falciformis","G.cuvier","G.cirratum","M.canis",
 "R.porosus","R.lalandii","S.lewini","S.mokarran","S.tiburo")    
crianza = as.table(crianza)

Pearson's Chi-squared test

data:  crianza
X-squared = NaN, df = 26, p-value = NA

Warning message:
In chisq.test(crianza) : Chi-squared approximation may be incorrect

有人知道为什么会出现警告吗？是因为我使用了错误的方法吗？

- JSalazar

这个问题可能更适合 Cross Validated 网站 - 那里已经有一个很好的现有答案。 - neilfws

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可能相关：https://stats.stackexchange.com/q/81483/60634，https://stats.stackexchange.com/q/155523/60634。如果您查看`chisq.test`的源代码，在`if (any(E < 5) && is.finite(PARAMETER))之后会出现该消息，其中E可能是n*p或outer(sr, sc, "*")/n`，具体取决于非矩阵或矩阵输入。 - r2evans

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Ben Bolker · Accepted Answer

您之所以出现NA值，是因为您的某些行没有任何计数。

cc <- crianza[rowSums(crianza)>0,]
chisq.test(cc)

为了避免警告，尝试使用 simulate.p.value=TRUE：

chisq.test(cc, simulate.p.value=TRUE)

请注意，这是一张极不平衡的表格，使用模拟p值时，你将得到一个非常小的值，大约为1/（运行的模拟次数）。

chisq.test(cc, simulate.p.value=TRUE, B=1e6)

在我忍耐力耗尽之前，我的进度已经达到了 B=1e7。你可能不需要担心报告超出“p值非常小，最多为1e-6”的值。