为多个列表元素分配同一对象的R方法

Question

我目前有一个循环 - 实际上是一个模拟模型中的循环嵌套，随着个体数量的增加而变慢。我已经向量化了大部分内容，并使其运行速度快了很多。但是有一部分需要将列表的多个元素赋值为相同的东西，从而简化了一个大循环，只实现了我想要的任务：

new.matrices[[length(new.matrices)+1]]<-old.matrix

在每次循环迭代时，上面的代码行会被调用，并且相同的矩阵对象会被分配给列表的下一个新元素。

我正在尝试对此进行向量化处理 - 如果可能的话，或者比循环或应用语句更快。

到目前为止，我已经尝试了以下方法：

indices <- seq(from = length(new.matrices) + 1, to = length(new.matrices) + reps)
new.matrices[indices] <- old.matrix

然而，这会导致以下消息：

Warning message:
In new.effectors[effectorlength] <- matrix :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

它还试图将old.matrix的一个值分配给new.matrices的一个元素，如下所示:

[[1]]
[1] 8687

[[2]]
[1] 1

[[3]]
[1] 5486

[[4]]
[1] 0

当所需结果是一个列表元素等于一个完整矩阵时，复制 old.matrix。

有没有一种方法可以将矩阵粘贴到列表元素中而不使用循环向量化？目前的实现方式需要进行数千次重复，这会严重拖慢速度，因此我希望尽可能地向量化。

- SJWard

---

new.matrices[indices] <- rep(list(old.matrix), length(indices)) 的翻译：将旧矩阵复制为列表，然后使用长度为indices的向量替换new.matrices中对应的元素。 - hadley

我敢打赌，有更好的方法来构建你计划生产的存储对象。你是否打算以后用某个计算出的矩阵替换每个new.matrices[[k]]？（存储N个相同数据的副本似乎没有太多意义）如果是这样，就没有必要预先创建每个列表条目。下一个问题：你真的需要一个列表吗？还是一个三维数组allmatrices[i,j,k]就足够了，其中每一层都是oldmatrix？ - Carl Witthoft

矩阵有2行n列，存储个体基因信息。这里发生的是通过孢子的无性繁殖。列数取决于基因数量 - 基因可以复制或删除。每个new.matrices在各种突变过程后都会发生变化。因此，对于old.matrix[[1]] - 假设它产生了20个后代，在经过突变过程的函数之前，它会被放入新矩阵中20次。为了结果目的，该列表还会在每个模拟周期复制到结果列表中。 - SJWard

你说得对，层必须是相同的大小，但你确实说过你将相同的矩阵放入每一层。除非你的基因处理会改变矩阵的大小，否则这不应该有影响。 - Carl Witthoft

其中一个过程是基因的删除或复制，这最终会改变个体矩阵中的列数。 - SJWard

Answer 1

也许你已经解决了你的问题，不过，你的代码存在问题。

new.matrices[indices] <- old.matrix

这个问题是由于尝试用一个矩阵替换一些对象（即你的new.matrices列表中的NULL元素）而引起的。所以R将old.matrix强制转换为向量，并尝试将每个单值粘贴到不同的列表元素中（这就是你得到这个结果的原因，当reps为4或8且old.matrix不是2 x 2矩阵时，你也会收到warning）。做法：

new.matrices[indices] <- list(old.matrix)

代码 R 会自动复制单元素列表 list(old.matrix) "reps" 次。

- Michele