在R中为igraph对象分配边权

Question

我有一个共现矩阵需要转换为igraph对象。该矩阵有三列 - node1、node2 和 freq。

我已经使用graph_from_edgelist命令创建了图形。

g <- graph_from_edgelist(as.matrix(coOccurDf[1:n,1:2]), directed=F)

我现在需要为边分配权重。我尝试使用了两个函数，它们似乎都可以完成同样的工作，但是没有成功。

set.edge.attribute(g, "weight", index=E(g), coOccurDf[1:n,]$freq)

并且

set_edge_attr(g, "weight", index=E(g), coOccurDf[1:n,]$freq)

这两个命令都不会出错，但是当我尝试使用以下命令查看权重时：

E(g)$weight

它只是显示NULL。

任何帮助都将不胜感激。

- wrahool

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哦，我真傻。我以为它在修改原始内容的同时进行了修改。如果您将其编写为答案，我会接受的！谢谢。 - wrahool

顺便提一下，使用 E(g)$weight <- whatever 写法比使用 set_edge_attr 更加简洁。它可以使代码更加清晰易懂，同时达到相同的效果。 - Tamás

Answer 1

您可以按以下方式返回igraph对象的权重：

edge.attributes(g)$weight

E(g)$weight

您可以通过以下任一方式为 igraph 对象设置权重：

edge.attributes(g)$weight <- coOccurDf[1:n,]$freq

E(g)$weight <- coOccurDf[1:n,]$freq

使用set.edge.attribute函数，它会返回一个新的带权图。如果要将其分配给对象g，而不是将带权图打印到控制台上：

g <- set.edge.attribute(g, "weight", index=E(g), coOccurDf[1:n,]$freq)

- Tom Kelly