Pytables HDF5 ImportError无法打开共享对象文件。

Question

在Ubuntu 13.04中，在IPython中导入PyTables时，我遇到了以下错误：

In [1]: from tables import *
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-4c3ea368be2a> in <module>()
----> 1 from tables import *

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/tables/__init__.py in <module>()
     80 
     81 # Necessary imports to get versions stored on the cython extension
---> 82 from tables.utilsextension import (get_pytables_version, get_hdf5_version,
     83     getPyTablesVersion, getHDF5Version)  # Pending Deprecation!
     84 

ImportError: libhdf5.so.8: cannot open shared object file: No such file or directory

我已经采取了以下措施：

• 正确设置并验证了LD_LIBRARY_PATH和PATH环境变量，通过回显它们的值来确认它们指向了正确的路径。
• 确保文件libhdf5.so.8在路径中可用
• 启动了一个新终端
• 在终端中执行了source /etc/environment命令，并在这些文件中设置了变量。
• 运行ipython命令以启动ipython控制台

感谢您的帮助。

- smartexpert

Answer 1

你的问题是pytables包是根据libhdf5.so.8编译的，而目前在Ubuntu仓库中只有libhdf5-7 :( 同时，updates中也没有改进 :(

Ubuntu 13.04的仓库中充满了无法满足的依赖项 :( 我真的不知道Ubuntu发生了什么事情，但当前状态很糟糕。目前，如果你安装它，甚至都无法安装g++. :-/

我建议你安装Anaconda或Canopy。它们都是Python的独立二进制发行版，已经为你预编译好了所有科学库，因此你不需要任何其他依赖库。它们提供整个套件。

最终我使用了Anaconda，因为他们的软件包管理器(conda)非常方便。

- Viktor Kerkez