rpy2 - 如何将数据框保存为RData文件到磁盘？

Question

我想知道如何将pandas数据框保存为.RData文件，我该如何从pandas数据框保存到RData？ 我已经完成了最后一步：

import pandas as pd
import rpy2
from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

# load RData file
df = pandas2ri.ri2py(robjects.r['get'](robjects.r['load'](path_to_rdata_file)))

.... do some processing to df ...

# save df as RData file
r_df = pandas2ri.py2ri(df)
??????????

如何将pandas数据保存为.RData文件？

- anthonybell

Answer 1

我终于弄清楚了答案，这是使用pandas dataframe写入.RData文件的方法：

首先将dataframe转换为R dataframe：

r_data = pandas2ri.py2ri(df)

那么我们需要将数据框分配给“R工作区”中的一个变量：

robjects.r.assign("my_df", r_data)

最后，我们可以通过变量名称来调用save命令：

robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename))

Here are 2 helper functions if you want to read/write RData files but work in python with pandas:

# read .RData file as a pandas dataframe
def load_rdata_file(filename):
    r_data = robjects.r['get'](robjects.r['load'](filename))
    df = pandas2ri.ri2py(r_data)
    return df

# write pandas dataframe to an .RData file
def save_rdata_file(df, filename):
    r_data = pandas2ri.py2ri(df)
    robjects.r.assign("my_df", r_data)
    robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename))
    os.chmod(filename, 0o777)

- anthonybell