在R中使用ggplot2创建小提琴图，涉及多个数据列

Question

我是一名新手，正在尝试使用R制作各种物种在每个采样深度的物种计数数据的小提琴图。 数据如下：

    Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0

在第一列中有深度，第二至五列是不同物种的数据。我正在尝试使用R中的ggplot2，但假设数据的组织方式不能被ggplot2使用。理想情况下，我希望深度成为y轴，物种分布在x轴上，并且每个物种都有一个小提琴图。谢谢您的帮助。

- Alexander

Answer 1

首先重新整理您的数据：

library(tidyverse)

my_dat2 <- my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>% 
  select(-val)

ggplot(my_dat2, aes(species, Depth)) +
  geom_violin()

请注意，Cl 只有一行，因为您只有一个深度。

- Axeman

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谢谢各位在此事上的帮忙。这看起来很好，完全回答了我的问题。再次感谢！祝好，- Alexander 刚刚 编辑 删除 - Alexander

Answer 2

就如你已经猜到的那样，你需要重新构造数据。使用 tidyr::gather 可以将格式从“宽”转换为“长”，这对于在 x 轴上绘制物种是必要的。此外，你需要扩展计数数据，可以使用 slice 来实现。

library(tidyverse)

zz <- "Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0"

my_dat <- read.table(text = zz, header = T)

my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>%
  ggplot(aes(species, Depth)) +
  geom_violin(adjust = .5)

- Thomas K

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谢谢您的帮助。您的方法是有效的，但所有小提琴看起来都一模一样。由于每个物种的计数数据不同，它们应该看起来不同。您有什么建议吗？ - Alexander

@Alexander Axeman是正确的，我忘记扩展计数数据了。 - Thomas K

谢谢大家对此的帮助。这看起来很棒，完全回答了我的问题。再次感谢！问候， - Alexander