维恩图的比例和颜色阴影，带有半透明效果。

Question

我有以下类型的计数数据。

A   450
B   1800
A and B both    230

我想开发一个像下面这个 Venn 图表一样有色彩（可能在交叉点处半透明）的东西。

注意：这张图是用 PowerPoint 手绘的样例，并不按比例缩放。

- jon

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为什么不从 library("sos"); findFn("venn") 开始，看看能走多远？ - Ben Bolker

或者使用 venneuler 包，它可以实现这个功能。 - Simon Urbanek

Answer 1

这篇文章讨论了如何从集群列表和共现因素生成维恩图。

要轻松解决问题，请使用软件包venneuler：

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

若需更高级和定制化的解决方案，请查看包VennDiagram。

library(VennDiagram) 
venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020), fill = c("lightblue", "green"), 
             alpha = c(0.5, 0.5), lwd =0, "venn_diagram.tiff")

- Geek On Acid

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这个软件包是否对数据采用任何逻辑？我输入了这个：v <- venneuler(c(A=100, B=100, "A&B"=50, C=100, "A&C"=25))，它生成了一个图表，其中包括B和C之间的一个小交集。 - SabreWolfy

@SabreWolfy：是的，很有趣，不过我不确定啊。你可能需要调整一些venneuler参数来消除这种奇怪的重叠... - Geek On Acid

尝试运行 v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=425))，然后运行 plot(v) 并注意重叠部分与正确结果相差甚远。'A' 的几乎全部应被'B' 覆盖。我对这个包非常持怀疑态度。 - DunderChief

@DunderChief 我也遇到了这个软件包似乎存在严重的不准确性问题。我给维护者发了电子邮件，但从未收到回复。 - Gregor Thomas

关于venneuler，你可能会感兴趣这个链接：http://benfred.github.io/venn.js/tests/venneuler_comparison/。 - Johan Larsson

Answer 2

我最近发布了一个新的R软件包，eulerr，它可以满足你的需求。它与venneuler相似，但没有其不一致之处。

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

或者您可以尝试使用同一R包的闪亮应用程序，位于eulerr.co

- Johan Larsson

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这个动画化的闪亮应用程序让我决定了。 - Megatron

优秀的包。在我看来，小缺陷是默认的颜色方案，使用白色作为第一组和背景，因此缺乏对比度。 另外，提供的代码片段在最近的 R/包版本下没有给出相同的结果。 - Holger Brandl

我对默认的“数量”标签感到惊讶/困惑。我原以为每个计数标签会显示该区域的数量而不是总数，这样如果您将所有显示的数字加起来，就可以得到总数N。在您的示例中，A是5，但仅A是3。A＆B是2，但A＆B而非C是1.5。B是3，但仅B是1。在这方面，区域面积似乎也与其数量不成比例。 - Brian D

@BrianD，有时候并不总是完美匹配，因此有时候这些区域实际上并不完全成比例。如果你把所有的区域加起来，你会得到总数N。这是因为我选择了“不相交组合”而不是输入的联合。 - Johan Larsson

上面的venneuler包需要Java，但这个不需要，所以这特别好。 - a-h

Answer 3

基于Geek On Acid的第二个答案的第二个建议（再次感谢），我也能够解决线路问题。我发布这个，以便其他谷歌搜索者可以受益！

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

- jon

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嗨，我正在使用 vennDiagram(sub, cex=..,lwd=2,circle.col=...)，但当我尝试按照您所提到的使用 fill 时，它会提示：1：“fill”不是图形参数。 这是 vennDiagram 版本的问题吗？在这种情况下，您知道正确的“fill”是什么吗？非常感谢。 - PGreen

@PGreen 我刚在 R 2.15.2 中尝试了最新版本的 vennDiagram，对我有效.... - jon

我猜问题出在你使用了limma包中的vennDiagram函数，而Jon使用的是vennDiagram包里的venn.diagram函数。vennDiagram函数没有fill参数，这就是为什么会报错的原因。我建议你也使用venn.diagram函数。 - sage88

是否可以将 venn.diagram 打印到默认的 R 图形设备上，而不是导出为 tiff（用于 rmarkdown 文档）？ - mindlessgreen

要在R图形设备上绘制，请执行vennPlot = venn.diagram（...，filename=NULL）; grid.newpage(); grid.draw（vennPlot）。 - Holger Brandl

Answer 4

尽管这不完全回答了你的问题，但我认为这对于其他想绘制维恩图的人会有用。

可以使用gplots包中的venn()函数：

http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

然后我使用illustrator添加颜色和透明度。

- ktyagi

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你好！您介意详细说明一下使用Illustrator的含义吗？您是指Adobe Illustrator，还是有一种只使用R就能实现上面那个图表的方法？ - Manuel Reis

抱歉，我的错！我是指使用Adobe Illustrator。 - ktyagi

Answer 5

我知道提问者想要R语言的解决方案，但是我想指出一个基于Web的解决方案，叫做BioVenn。它可以处理3个元素列表，并绘制一个维恩图，使每个表面的大小与元素数量成比例 - 就像这个：

在这个图表中，我手动更改了数字的位置（通过 PhotoShop），因为我不喜欢 BioVenn 选择的位置。但是您可以选择不使用数字。

理论上，与 BioVenn 一起使用的列表应该由基因 ID 组成，但实际上并不重要 - 列表只需要包含字符串即可。

- Nick

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在这个图示中，我通过PhotoShop手动更改了数字的位置，因为我不喜欢BioVenn选择的位置。但是你可以选择不显示数字。实际上，在BioVenn中，你可以直接拖放数字到任何位置，无需使用PhotoShop :-) - Tim Hulsen

Answer 6

在这里，您可以下载并运行直观灵活的比例绘图程序。下载链接：http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php 还有一个交互式 Venn 图查看器——jvenn：GenoToul 生物信息学：http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/。

- Nirupa Chaudhari

Answer 7

顺便说一下：我找到了一个用于Python的this包，可以做同样的事情。

- mithunpaul