Jupyter笔记本、错误的sys.path和sys.executable

Question

我试图在Jupyter Notebook中使用Anaconda发行版的Python库，但是当我运行笔记本时，由于Python路径设置为来自Mac OS X 10.11的默认发行版，因此一直出现ImportError。

当我打印出sys.path和sys.executable时，与运行Python时不同于运行Jupyter Notebook。例如，

from pprint import pprint as p
import sys

p(sys.path)

在使用Python进行此操作后，我得到了正确的输出：

['',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python27.zip',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/plat-darwin',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/plat-mac',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/lib-tk',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/lib-old',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/site-packages',
 '/Users/glennraskovich/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/aeosa']

但是在Jupyter笔记本中运行时，我得到了：

['',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/dask-0.11.0-py2.7.egg',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/networkx-1.11-py2.7.egg',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/six-1.10.0-py2.7.egg',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/Pillow-3.3.1-py2.7-macosx-10.11-x86_64.egg',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old',
 '/usr/local/Cellar/python/2.7.12/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages',
 '/Library/Python/2.7/site-packages',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions',
 '/Users/glennraskovich/.ipython']

关于sys.executable：

p(sys.executable)

在Python中，正确的输出：

/Users/glennraskovich/anaconda2/bin/python

但是在jupyter notebook中，sys.executable没有设置为Anaconda版本。

/usr/local/opt/python/bin/python2.7

我尝试在我的 .bashrc 和 .bash_profile 中设置 PATH，使用命令 which python、which jupyter 等显示了 Anaconda 的路径，但 Jupyter Notebook 没有使用 Anaconda 的路径。这里可能出了什么问题？

- Glenn Raskovich

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你把 notebook 服务器的 sys.path 和你正在运行的内核的 sys.path 搞混了。 - Matt

那么我需要改变内核的sys.path吗？我该怎么解决这个问题？ - Glenn Raskovich

Answer 1

我找到了解决方案，因为内核设置为使用默认的Mac OS X Python版本，所以我使用以下命令进行修复：

python2 -m pip install ipykernel

python2 -m ipykernel install --user

- Glenn Raskovich

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注意: 第二步中的 --user 非常重要。我尝试了第二个步骤，没有使用 --user，而是使用了 sudo，但它没有起作用，因为它将 kernelspec 放到了不同的目录中（在 Windows 10 上，通过 WSL 运行 Ubuntu）。 - Robert Yi

我可以验证这也修复了virtualenv上的问题。 我使用已激活的venv“python”。 这是唯一对我有效的解决方案。 感谢@Glenn Raskovich。 - mork

Answer 2

对我而言，在创建环境后，我安装了Jupyter，但是接下来我尝试运行从基本环境安装的模块。通过 "jupyter kernelspec list"（https://github.com/jupyter/notebook/issues/2563），我发现我的 kernel.json 位于 C:\Users\username\Anaconda37\share\jupyter\kernels\python3\kernel.json，并指向工作环境中的 python.exe。更改路径解决了问题。

这是有关Python路径设置的详细说明。

- alchemy

Answer 3

我的经验：

我在Windows上有一个conda虚拟环境，并将其链接为Jupyter Notebook的内核。但是，sys.executable指向全局Python安装可执行文件。

执行@Glenn答案中的步骤没有帮助解决问题。为了解决它：

1. 找到你的环境的可执行python.exe。我的在C:\Users\youruser\miniconda3\envs\my_conda_environment\python.exe内。
2. 找到位于C:\Users\youruser\AppData\Roaming\jupyter\kernels\yourkernel\kernel.json内的环境的kernel.json配置文件。
3. 修改kernel.json配置路径，用步骤1中的路径替换现有的可执行路径。

重新启动Jupyter，问题解决！

- itscarlayall

Answer 4

我在使用Anaconda Navigator和命令行时遇到了这个问题。我在控制台中键入“source activate”然后使用Anaconda Navigator打开了Jupyter。但是，在Anaconda Navigator中，我不在正确的环境中，这导致了问题。这是因为Anaconda Navigator带有自己的虚拟环境激活（当您单击它们时）。因此，您需要从控制台激活虚拟环境，然后从控制台启动Jupyter，或者您需要在Anaconda Navigator中激活虚拟环境并从Navigator启动Jupyter。两种方法都可以，但不能组合使用。 :-)

- Maren