rmarkdown中YAML中的行内R代码无法运行

Question

我正在尝试在YAML前置区块中运行内联R代码，然后再让rmarkdown运行文件。但是它对我不起作用。这里有一个例子：

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title: "**Title**"
classoption: xcolor=dvipsnames
output:
  beamer_presentation:
      slide_level: 2
      pandoc_args: [
        "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`"
        ]
---

<!-- slide 1 -->
## Intro ##

哪个会抛出错误：

pandoc-citeproc: could not find `r paste('path/to/bib')`

这是一个简单的例子，但突出了我的主要问题。我如何让rmarkdown在YAML前置代码中运行内联R代码？

这与以下问题类似：

• 从R代码块内操作RMarkdown元数据
• rmarkdown中的YAML当前日期

- Luke W. Johnston

Answer 1

这是我解决问题的方法。我使用RStudio编程。奇怪的是，对于日期和csl字段，我不得不使用一种解决方案，而对于参考文献字段则需要另一种解决方案。!expr在日期或csl行中无效（对我而言）。在参考文献行中，带引号的r代码也无效（对我而言）。我将参考文献和csl文件存储在一个包（inst/docs文件夹）中。不属于该包的rmarkdown文件会使用这些文件。

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title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: !expr system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
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# Introduction

Yada yada [@MyRef04].

# References

my.bib是带有MyRef04的BibTex文件。csl是样式文件。

这种情况下，一个人维护一个包，其中包含数据、代码、参考文献等。其他人可能不知道包的作者，从GitHub安装该包并编写或运行使用该包的rmarkdown文件。用户几乎肯定不使用Git或GitHub，我不希望他们在从GitHub安装包后再下载任何额外的文件。

更新：在发布上述内容后，我碰巧安装了来自GitHub的markdown，因为我需要开发版本中的某些内容。在GitHub上的rmarkdown版本'1.7.5'中，您可以在参考文献行中使用r代码：

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title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: '`r system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")`'
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
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从GitHub安装rmarkdown

library(devtools)
install_github("rstudio/rmarkdown")

- Eli Holmes

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谢谢！我后来发现了这个问题，但忘记在这里更新。 - Luke W. Johnston

我怎样才能在我的包的另一个部分中使用一个定义的变量，用于YAML标题？ - undefined

Answer 2

我找到了一个迂回的方法来得到我想要的。我不认为Rmarkdown允许在YAML中使用R表达式/命令，可能有很好的原因。我最终做的是将所有输出yaml命令放在一个名为_output.Ryaml的文件中，如下所示：

beamer_presentation:
  slide_level: 2
  includes:
    in_header: "src/preamble.tex"
  pandoc_args: [
    "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`",
    "--variable", "classoption:xcolor=dvipsnames",
    "--variable", "fontsize:9pt"
    ]

然后在主要的slides.Rmd文件中，类似于以下内容：

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title: "**Title**"
author: Luke
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<!-- slide 1 -->
## Intro ##

然后，我可以使用R代码（放在Makefile中）生成幻灯片：

knitr::knit('_output.Ryaml', '_output.yaml')
rmarkdown::render('slides.Rmd')
unlink('_output.yaml')

看起来工作得还不错。如果有更好的想法，请告诉我！

- Luke W. Johnston