调试littler/R脚本

Question

我该如何调试从命令行运行的 R脚本？

我正在使用getopt包传递命令行选项，但当出现错误时，很难:

1. 看到具体发生了什么;
2. 在R中进行交互式调试（因为脚本需要命令行选项）。

有没有人有示例代码并愿意分享？

- Eduardo Leoni

Answer 1

你可以使用--args将命令行参数传递给交互式shell，然后使用source('')运行脚本。

$ R --args -v

R version 2.8.1 (2008-12-22)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> require(getopt)
Loading required package: getopt
> opt = getopt(c(
+ 'verbose', 'v', 2, "integer"
+ ));
> opt
$verbose
[1] 1
> source('my_script.R')

您现在可以使用旧的browser()函数进行调试。

- Mark

---

我尝试了您的建议，但出现以下情况 :-( >R -i indivA12_AATAAG -d hmm_data/indivA12_AATAAG -c all *** 进一步的命令行参数（'-i indivA12_AATAAG -c all'）被忽略 - Greg

好的，没事了，我错过了你说要使用--args的那部分。 - Greg

现在R已经打开，但我收到了这个错误：`> source('msg/write-hmm-data.R') Error in if (file == "") file <- stdin() else { : argument is of length zero

` - Greg

Answer 2

我通常使用老派的打印语句或交互式分析。为此，我首先使用save()保存状态，然后将其加载到交互式会话中（我使用Emacs/ESS）。这样可以逐行基于脚本代码进行交互性工作。

但在将代码部署到较小的脚本中之前，我经常会先在交互模式下编写/测试/调试代码。

- Dirk Eddelbuettel

Answer 3

另一个选择是使用 options(error) 功能。这里有一个简单的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

你可以在出现错误的情况下创建尽可能详细的脚本，因此你应该决定需要哪些调试信息。

否则，如果你关心特定领域（例如连接到数据库），那么请将它们包含在tryCatch()函数中。

- Shane