在不均匀的类别上制作分面条形图

Question

以下是一个示例数据框，其中有30个唯一样本（ID为1至30），每个样本都有三个测量值（在三个不同的阈值（“G1”列）下；5e-03、5e-05、5e-08）。每个观测值都有一个p值（P列）。最后，每个样本都可能属于十个不同的类别（'G2'）[很抱歉使用了这么多数字变量！]

 # example data.frame
df <- data.frame(
  'ID' = as.character(unlist(lapply(seq(1:30), function(x) rep(x,3)))),
  'P'  = runif(n = 90, min = 0, max = 1),
  'G1' = as.character(c('5e-03','5e-05','5e-08')),
  'G2' = as.character(unlist(lapply(sample(1:10, size = 30, replace = T), function(x) rep(x,3))))
)

我可以使用以下命令生成漂亮的条形图；

ggplot(df, aes(x = interaction(ID,G2), y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  coord_flip() +
  facet_grid(. ~ G1)

展示如下：

图1：使用颜色可视化'G2'的单个面板图像

不过，我真正希望实现的是双面板；列上的'G1'（与当前情况相同），并且不使用条形颜色来标记'G2'变量，而是在G2上添加第二个水平面板。我已尝试过如下操作：

ggplot(df, aes(x = interaction(ID,G2), y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  coord_flip() +
  facet_grid(G2 ~ G1)

而且这样做是不正确的。当我在G2上进行面孔时，它会在每个面孔中绘制所有样本。这很丑陋，因为每个样本只能属于一个G2类别。如何生成第二个面孔，仅绘制属于该组的条形图？我尝试调整facet_grid中的“drop”，“scale”和“space”变量，但没有改善。

这 就是我要找的 - 我已经手动在图形的部分上画了矩形，应该在面孔中。它本质上与Plot 1相同，只是将条形图拆分为G2面孔。

- mbyvcm

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为什么你加了coord_flip()函数？把它删掉，再运行一遍代码。我猜这就是你想要的。 - joel.wilson

谢谢回复。删除coord_flip()并不能解决问题，G2分面仍然绘制未观察到的数据。我使用coord_flip()是因为我想要跨页面绘制图形以美化效果。 - mbyvcm

也许将交互改为粘贴？paste(ID, G2, sep = ".") - zx8754

我无法想象你希望图表的样子。 - joel.wilson

谢谢，但这并没有解决问题。 - mbyvcm

Answer 1

请注意，由于您正在使用G2和G1进行facetting，因此您不再需要x=interaction（ID，G2）： x=ID就足够了。

默认情况下，绘图的所有facets共享其x轴和y轴的相同比例。但是，您可以使用scales参数更改这一点。

ggplot(df, aes(x = ID, y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  facet_grid(G1 ~ G2, scales="free_x")

请注意，我在网格的定义中交换了G1和G2。虽然我不认为可以使用coord_flip()使其正常工作。

- Pierre Gramme

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谢谢Pierre！你已经基本解决了它，非常感谢！有没有办法让所有单独的条形图宽度相同？你的解决方案导致一些条形图拉伸以填充facet。 - mbyvcm

Answer 2

只是补充Pierre的答案：

ggplot(df, aes(x = ID, y = P, fill = G2)) +
  geom_bar(stat = 'identity') +
  facet_grid(G1 ~ G2, scales="free", space="free") 

这将为每个条形图提供相同的宽度。

- Kumar Manglam

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非常好的Kumar！可惜不能与coord_flip()一起使用。但我可以接受这个！ - mbyvcm