将一个命名的模型列表传递给anova.merMod

Question

将一个命名的模型列表传递给anova.merMod

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我希望能够将一个命名的模型列表（merMod对象）传递给anova()函数，并在输出中保留模型名称。这在使用mclapply()并行运行一批缓慢的模型（如glmer）时特别有用。我想到的最好方法是对模型列表进行去命名处理，然后使用do.call，但这并不理想，因为我的模型可能会被命名为“mod12”、“mod17”和“mod16”，而这些模型名称在输出中会被翻译为“MODEL1”、“MODEL2”和“MODEL3”。（当查看单个批次时，这可能看起来微不足道，但在长时间建模过程中，使用几十个模型肯定会导致混乱。）

请注意，这与从列表创建和调用线性模型不同，因为我不是要在列表之间比较模型对。这也比在模型列表上使用lapply更复杂，因为我以非一元方式使用anova()函数。

下面是一个最小可重现示例：

library(lme4)

formList <- c(mod12 = angle ~ recipe + temp + (1|recipe:replicate),
              mod17 = angle ~ recipe + temperature + (1|recipe:replicate),
              mod16 = angle ~ recipe * temperature + (1|recipe:replicate))
modList <- lapply(formList, FUN=lmer, data=cake)

# Fails because modList is named so it's interpreted as arg-name:arg pairs
do.call(anova, modList)

# Suboptimal because model names aren't preserved
do.call(anova, unname(modList))

# Fails because object isn't merMod (or some other class covered by methods("anova"))
do.call(anova, list(object=modList[1], ...=modList[-1], model.names=names(modList)))

第二个 do.call 返回这个：

Data: ..1
Models:
MODEL1: angle ~ recipe + temp + (1 | recipe:replicate)
MODEL2: angle ~ recipe + temperature + (1 | recipe:replicate)
MODEL3: angle ~ recipe * temperature + (1 | recipe:replicate)
       Df    AIC    BIC  logLik deviance   Chisq Chi Df Pr(>Chisq)
MODEL1  6 1708.2 1729.8 -848.08   1696.2                          
MODEL2 10 1709.6 1745.6 -844.79   1689.6  6.5755      4     0.1601
MODEL3 20 1719.0 1791.0 -839.53   1679.0 10.5304     10     0.3953

理想情况下，输出应该如下所示：

Data: ..1
Models:
mod12: angle ~ recipe + temp + (1 | recipe:replicate)
mod17: angle ~ recipe + temperature + (1 | recipe:replicate)
mod16: angle ~ recipe * temperature + (1 | recipe:replicate)
      Df    AIC    BIC  logLik deviance   Chisq Chi Df Pr(>Chisq)
mod12  6 1708.2 1729.8 -848.08   1696.2                          
mod17 10 1709.6 1745.6 -844.79   1689.6  6.5755      4     0.1601
mod16 20 1719.0 1791.0 -839.53   1679.0 10.5304     10     0.3953

我该怎么做？如果这意味着我可以获得更易于理解的输出，那么即使有一个丑陋的包装器包裹在anova()周围，我也会很高兴。

- Dan Villarreal

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Roland · Accepted Answer

您可以像这样传递一个符号列表：

with(modList,
     do.call(anova, 
             lapply(names(modList), as.name)))
#refitting model(s) with ML (instead of REML)
#Data: ..1
#Models:
#mod12: angle ~ recipe + temp + (1 | recipe:replicate)
#mod17: angle ~ recipe + temperature + (1 | recipe:replicate)
#mod16: angle ~ recipe * temperature + (1 | recipe:replicate)
#      Df    AIC    BIC  logLik deviance   Chisq Chi Df Pr(>Chisq)
#mod12  6 1708.2 1729.8 -848.08   1696.2                          
#mod17 10 1709.6 1745.6 -844.79   1689.6  6.5755      4     0.1601
#mod16 20 1719.0 1791.0 -839.53   1679.0 10.5304     10     0.3953