有没有解决办法让caret包中的train()函数在Rstudio内正常运行？

Question

有没有解决办法让caret包中的train()函数在Rstudio内正常运行？

3

我正在阅读Max Kuhn和Kjell Johnson的著作“应用预测建模”的例子，不幸的是，在使用train()函数进行支持向量机交叉验证时，我卡在了其中一个GermanCredit数据集的示例上，该数据集由caret包提供：

library(AppliedPredictiveModeling)
library(caret)
# preparing the data
data(GermanCredit)
GermanCredit <- GermanCredit[, -nearZeroVar(GermanCredit)]
GermanCredit$CheckingAccountStatus.lt.0 <- NULL
GermanCredit$SavingsAccountBonds.lt.100 <- NULL
GermanCredit$EmploymentDuration.lt.1 <- NULL
GermanCredit$EmploymentDuration.Unemployed <- NULL
GermanCredit$Personal.Male.Married.Widowed <- NULL
GermanCredit$Property.Unknown <- NULL
GermanCredit$Housing.ForFree <- NULL
set.seed(100)
inTrain <- createDataPartition(GermanCredit$Class, p = .8)[[1]]
GermanCreditTrain <- GermanCredit[ inTrain, ]
GermanCreditTest  <- GermanCredit[-inTrain, ]

# Grid selection for `sigma` and `cost` tuning parameters:    
library(kernlab)
set.seed(231)
sigDist <- sigest(Class ~ ., data = GermanCreditTrain, frac = 1)
svmTuneGrid <- data.frame(.sigma = sigDist[1], .C = 2^(-2:7))

# SVM classification and cross-validation
svmFit <- train(Class ~ .,
                data = GermanCreditTrain,
                method = "svmRadial",
                preProc = c("center", "scale"),
                tuneGrid = svmTuneGrid,
                trControl = trainControl(method = "repeatedcv", repeats = 5, 
                                         classProbs =  TRUE))

而且它抛出了这个错误：

Error in comp(expr, env = envir, options = list(suppressUndefined = TRUE)) : 
  could not find function "makeCenv"

有时会出现以下错误信息：

Loading required package: class
Warning: namespace ‘compiler’ is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ‘GermanCredit’
Error in comp(expr, env = envir, options = list(suppressUndefined = TRUE)) : 
  could not find function "makeCenv"
In addition: Warning message:
executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered

然后我得知makeCenv()在doMC包中，该包被建议作为并行计算或并行处理的替代方案，但是我不会选择该包，因为它在Windows平台上不可用。有其他替代方案吗？

更新：当代码在Rstudio IDE下运行时出现这些错误，从默认的R控制台运行时一切正常，所以问题是局限于Rstudio中的，我猜想。尽管在R控制台中时间有点长（约8分钟），我想知道如何加快速度，考虑到下面提到的硬件规格。

我的sessioninfo()输出在这里（Rstudio）：

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] datasets  grid      splines   utils     stats     graphics  grDevices methods  
[9] base     

other attached packages:
 [1] proxy_0.4-10                    e1071_1.6-1                    
 [3] class_7.3-9                     kernlab_0.9-19                 
 [5] caret_5.17-7                    foreach_1.4.1                  
 [7] AppliedPredictiveModeling_1.1-4 CORElearn_0.9.42               
 [9] rpart_4.1-3                     xtable_1.7-1                   
[11] knitr_1.5                       texreg_1.30                    
[13] pastecs_1.3-15                  boot_1.3-9                     
[15] gridExtra_0.9.1                 reshape2_1.2.2                 
[17] plyr_1.8                        scales_0.2.3                   
[19] ggplot2_0.9.3.1                 vcdExtra_0.5-11                
[21] gnm_1.0-6                       vcd_1.3-1                      
[23] corrplot_0.73                   RColorBrewer_1.0-5             
[25] car_2.0-19                      Hmisc_3.13-0                   
[27] Formula_1.1-1                   cluster_1.14.4                 
[29] xlsx_0.5.5                      xlsxjars_0.5.0                 
[31] rJava_0.9-5                     lmPerm_1.1-2                   
[33] coin_1.0-23                     survival_2.37-4                
[35] GPArotation_2012.3-1            psych_1.3.12                   
[37] sos_1.3-8                       brew_1.0-6                     
[39] data.table_1.8.10               mice_2.18                      
[41] nnet_7.3-7                      MASS_7.3-29                    
[43] lattice_0.20-23                

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] codetools_0.2-8   colorspace_1.2-4  dichromat_2.0-0   digest_0.6.4     
 [5] evaluate_0.5.1    formatR_0.10      gtable_0.1.2      iterators_1.0.6  
 [9] labeling_0.2      Matrix_1.1-0      modeltools_0.2-21 munsell_0.4.2    
[13] mvtnorm_0.9-9996  proto_0.3-10      qvcalc_0.8-8      relimp_1.0-3     
[17] stats4_3.0.2      stringr_0.6.2     tcltk_3.0.2       tools_3.0.2

默认 R 控制台中的 sessionInfo() 输出：

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] datasets  grDevices grid      splines   graphics  utils     stats    
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] e1071_1.6-1     class_7.3-9     kernlab_0.9-19  caret_5.17-7   
 [5] foreach_1.4.1   cluster_1.14.4  lattice_0.20-23 reshape2_1.2.2 
 [9] plyr_1.8        scales_0.2.3    ggplot2_0.9.3.1 lmPerm_1.1-2   
[13] coin_1.0-23     survival_2.37-4 sos_1.3-8       brew_1.0-6     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] codetools_0.2-8    colorspace_1.2-4   compiler_3.0.2     dichromat_2.0-0   
 [5] digest_0.6.3       gtable_0.1.2       iterators_1.0.6    labeling_0.2      
 [9] MASS_7.3-29        modeltools_0.2-21  munsell_0.4.2      mvtnorm_0.9-9996  
[13] proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5 stats4_3.0.2       stringr_0.6.2     
[17] tools_3.0.2

问题:

在默认的R控制台中运行良好，因此必须与Rstudio进行交互，基于默认R控制台和Rstudio的两个sessionInfo()输出的差异是compiler包。奇怪的是，在CRAN中找不到这个包，我在这里找到了一个注释： http://www.inside-r.org/r-doc/compiler/compile 说load(compiler)就足够了。但是当我在Rstudio中执行时，出现了以下错误信息：

Error: package ‘compiler’ was built before R 3.0.0: please re-install it

更新
最终从Rstudio中复制并粘贴编译器包库成功，但仍然需要很长时间(约8分钟)，如果硬件和Windows系统适用，我会发布一个关于并行处理的单独问题，以便更早地找到答案。

我的笔记本电脑是2.1GHz双核处理器，3GB内存，Windows 32位，有没有想法如何使用train()函数进行并行处理？能否提供这方面的R代码？我将非常感激。

- doctorate

2个回答

1

代码库与doMC或其他“do”软件包完全独立。我这里没有windows系统进行测试，但我有99%的把握这不是一个可重现的问题。该软件包在多个地方（例如R-Forge）和3-4个不同的操作系统中每晚都进行测试，包括Windows。即使我曾经在使用Windows的大型观众中专门教授该软件包时，我也从未见过出现此问题。

我的猜测是您在某个地方意外调用了doMC函数（即使它没有列在sessionInfo中）。

如果有人可以尝试重现此错误，那将非常有帮助。

谢谢，

Max

- topepo

这不可能是由于在其他地方调用了 doMC，我会排除这个。错误信息一直指向 makeCenv()，但这次出现了 namespace ‘compiler’ is not available，请参见上面的更新错误信息。我希望有一个解决办法。 - doctorate

最终它终于成功了，但是只在默认的R控制台上没有任何错误。它花费了几分钟才完成任务，因此一定与Rstudio有交互。我已经更新了问题。我想知道如何在Windows 32位下设置并行处理，我的笔记本电脑是双核2.1GHz，内存为3GB。 - doctorate

我注意到默认的R控制台和Rstudio的两个sessionInfos()之间的差异在于编译器包，该包出现在错误消息中，该包无法从R studio内部加载Error: package ‘compiler’ was built before R 3.0.0: please re-install it. - doctorate

是的，我安装了 compiler_3.0.2 版本，因为从 CRAN 复制和粘贴无法下载，但它可以正常工作。似乎这个包已经随 R 一起发布了，但由于某种原因，我在 Rstudio 的 lib 路径中有一个旧版本，导致了所有的麻烦。 - doctorate

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可以查看英文原文，
原文链接

- Beyhan Gul · Accepted Answer

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    sudo su
    echo "deb http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/linux/ubuntu precise/" >> /etc/apt/sources.list
    apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
    apt-get update
    apt-get upgrade