能否在不使用复制/粘贴的情况下，将一个（或2个、或3个）代码块从一个R Markdown文档复制到另一个R Markdown文档中？

Question

我以前阅读过类似的问题这里, 这里和这里（还有更多）。

不幸的是，那些问题提供的解决方案似乎都无法解决我的问题。

我尝试了@bryanshalloway在这里编写的函数，但没有得到期望的结果。

更多背景信息：我使用R Markdown工作流生成科学手稿。我在一个笔记本上执行EDA，稍后回到另一个笔记本上编写手稿。我导入数据，整理它，创建表格，进行一些基本的可视化，并包括叙述性文本（主要为了自己）。

我随后创建了一个专门用于写作手稿的笔记本。为了使其可复制，我想在导入数据、整理和处理方面包含所有 EDA 步骤，但我不需要相应的评论。此外，我可能需要一些（但绝对不是全部）我在 EDA 过程中创建的表格和基本可视化，但我需要大量完善它们以达到出版要求。

我的当前工作流程只是复制并粘贴相关代码块，然后在其中添加表格和图形（例如，在 ggplot 中添加标签和标题）。

是否有办法从一个 R Markdown 文件/R 笔记本中“源”这些单独的代码块到另一个文件？也许使用 knit_child（但不是将整个 R Markdown 文件带入当前父文件）？

我想避免将所需的代码块复制到单独的 R 脚本中。

谢谢！

- Bryan P Mayfield

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嗨，这应该很简单，使用knitr::purl()函数，然后将其粘贴到rmd中（基本上创建一个反向purl函数）（它的spin()）。 - user12256545

为什么不用一个独立的Rmd文件来分享代码块，并使用child=file/path/RMd选项呢？ - rawr

Answer 1

通过 knitr purl 和 spin，很可能实现以下内容：

假设这是您的初始 Rmarkdown 报告：

请将文件命名为 report1.Rmd。

    ---
    title: Use `purl()` to extract R code
    ---
    
    The function `knitr::purl()` extracts R code chunks from
    a **knitr** document and save the code to an R script.
    
    Below is a simple chunk:
    
    ```{r, simple, echo=TRUE}
    1 + 1
    ```
    
    Inline R expressions like `r 2 * pi` are ignored by default.
    
    If you do not want certain code chunks to be extracted,
    you can set the chunk option `purl = FALSE`, e.g., 
    
    ```{r, ignored, purl=FALSE}
    x = rnorm(1000)
    ```

然后您需要进入控制台并下载该文件：

> knitr::purl("report1.Rmd")

这将在您所在的同一目录中创建一个名为report1.R的R文件，其中只包含不是purl=false的代码块。 它是一个简单的R脚本，看起来像这样:

## ---- simple, echo=TRUE----------------------------------------------------------------------------
1 + 1

为了安全起见，让我们重命名文件：

> file.rename("report1.R", "report_new.R")

最后让我们回到report_new.Rmd：

> knitr::spin("report_new.R", format = "Rmd", knit=F)

这将为您创建一个新的Rmd文件，名为report_new.Rmd，其中只包含相关代码块，没有其他内容。

    ```{r simple, echo=TRUE}
    1 + 1 
    ```

- user12256545

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源代码：purl: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/purl.html 自旋：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/spin.html - user12256545