如何使用RSqlite将CSV导入sqlite？

Question

我发现在sqlite shell中可以使用.import命令，但在R环境中好像无法使用，有什么建议吗？

- lokheart

Answer 1

您可以使用sqldf包中的read.csv.sql函数。只需一行代码即可完成读取。假设您想创建一个新的数据库testingdb，然后将文件读入其中，请尝试以下代码：

read.csv.sql("filename.csv", sql = paste("CREATE TABLE my_table", "SELECT * FROM file", sep = "\n"), dbname = "testingdb")

# create a test file
write.table(iris, "iris.csv", sep = ",", quote = FALSE, row.names = FALSE)

# create an empty database.
# can skip this step if database already exists.
sqldf("attach testingdb as new")
# or: cat(file = "testingdb")

# read into table called iris in the testingdb sqlite database
library(sqldf)
read.csv.sql("iris.csv", sql = "create table main.iris as select * from file", 
  dbname = "testingdb")

# look at first three lines
sqldf("select * from main.iris limit 3", dbname = "testingdb")

以上使用了 sqldf，它使用 RSQLite。你也可以直接使用 RSQLite。请参阅 RSQLite 中的 ?dbWriteTable。请注意，如果你直接使用 dbWriteTable，可能会出现行结束符问题，而 sqldf 通常会自动处理。

如果你的意图是将文件读入数据库后立即将其读入 R，并且之后不再需要数据库，则请参见：

http://code.google.com/p/sqldf/#Example_13._read.csv.sql_and_read.csv2.sql

- G. Grothendieck

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sqldf太棒了！也可以查看这个答案https://dev59.com/UlLTa4cB1Zd3GeqPZ2P1 - Jay

但是它会在会话结束时删除文件。有没有办法保留它？ - xiaodai

@xiaodai，上述代码中sqldf不会删除数据库或输入文件。sqldf只会删除它创建的任何数据库，但是sqldf永远不会删除输入文件和它没有创建的数据库。在这种情况下，数据库不是由sqldf本身创建的（它是通过“attach”语句由后端SQLite创建的，而不是由前端sqldf创建的），因此sqldf不会将其删除。请注意，sqldf旨在用于数据框的即席操作，但如果您处理持久性数据库，则可能需要直接使用RSQLite、RH2或其他数据库接口包。 - G. Grothendieck

这是一个很棒的回答。有一个问题。如果我想使用sqldf("attach testingdb as new")，它必须在library(sqldf)之后对吧？ - user3259937

是的，library(sqldf)会加载sqldf包，使用sqldf命令需要该包。 - G. Grothendieck

Answer 2

我倾向于使用sqldf包来完成这个任务：R中快速将非常大的表作为数据框读取

请记住，在上面的示例中，我将csv文件读取到了一个临时sqlite数据库中。你显然需要更改这一部分。

- JD Long