我正在尝试在HPC服务器上创建自己的conda Python环境,但出现了一些非常奇怪的问题。
问题
创建一个新的conda环境后,似乎Python没有看到它自己在这个环境中,并使用基本环境...因此我无法使用安装在新环境中的软件包,但我可以看到基本环境中的软件包...
以下是我的操作步骤
我按照以下方式安装我的环境:
$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi
然后我检查我的已安装软件包:
(niml) $ conda list
这是我得到的,非常基础的环境:
# Name Version Build Channel
botocore 1.10.61 py_0 conda-forge
ca-certificates 2018.4.16 0 conda-forge
certifi 2018.4.16 py36_0 conda-forge
docutils 0.14 py36_0 conda-forge
jmespath 0.9.3 py_1 conda-forge
libedit 3.1.20170329 h6b74fdf_2
libffi 3.2.1 hd88cf55_4
libgcc-ng 7.2.0 hdf63c60_3
libstdcxx-ng 7.2.0 hdf63c60_3
lockfile 0.12.2 py_1 conda-forge
luigi 2.7.6 py36_0 conda-forge
ncurses 6.1 hf484d3e_0
openssl 1.0.2o 0 conda-forge
pip 10.0.1 py36_0
pyparsing 2.2.0 py_1 conda-forge
python 3.6.5 hc3d631a_2
python-daemon 2.1.2 py36_0
python-dateutil 2.7.3 py_0 conda-forge
readline 7.0 ha6073c6_4
setuptools 39.2.0 py36_0
six 1.11.0 py36_1 conda-forge
sqlite 3.24.0 h84994c4_0
tk 8.6.7 hc745277_3
tornado 4.5.3 py36_0 conda-forge
wheel 0.31.1 py36_0
xz 5.2.4 h14c3975_4
zlib 1.2.11 ha838bed_2
然后我尝试运行Python并导入我安装的luigi
包,但它找不到它,导致出现以下错误。
接着我尝试运行 Python 并导入我安装的 luigi
包,但是程序无法找到它,导致了以下错误。
(niml) $ python
>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'
我还尝试导入在基础环境中而不是新环境中的numpy
,并且它可以正常工作。
>>> import numpy
上述工作正常,这意味着python
认为它正在基本环境中运行。
在我的自定义环境中运行Python
我检查了正在执行的Python版本,确实是新环境niml
中的版本:
>>> import sys
>>> sys.executable
'~/.conda/envs/niml/bin/python'
还可以通过命令行进行检查,确认它是环境内的python
可执行文件:
(niml) $ which python
~/.conda/envs/niml/bin/python
我正在高性能计算机上运行
我以前已经创建了成百上千次anaconda环境,并从未遇到过这个问题。唯一的区别是我正在使用一个HPC服务器,因此我必须做出类似这样的改变:
module load python/anaconda3
这是我平时工作流程中唯一的区别,可能是导致问题出现的原因...
有其他人遇到过这个问题并且解决了吗?
conda activate niml
代替source activate niml
。 - darthbith