conda环境无法创建新环境

Question

尝试创建viper工具的新环境时，我在解决软件包规范时遇到了困难。我已经从他们的网站下载并解压了该工具。按照说明，我正在尝试创建名为viper的conda环境。使用以下命令：

conda env create -f environment.yml -n viper

如上所述，该过程被卡住了。

因此，我尝试了

conda create --file environment.yml -n viper

但是我遇到了错误

CondaValueError: could not parse 'name: viper' in: environment.yml

我的 environment.yml 文件的头部如下所示

 name: viper
 channels: #!!python/tuple
     - bioconda
     - conda-forge
     - defaults
 dependencies:
     - ...

我做错了什么？

我的conda版本如下：

 $ conda info
 Current conda install:

           platform : linux-64
      conda version : 4.3.30
   conda is private : False
  conda-env version : 4.3.30
conda-build version : not installed
     python version : 3.6.3.final.0
   requests version : 2.18.4
   root environment : /home/yeroslaviz/miniconda3  (writable)
default environment : /home/yeroslaviz/miniconda3
   envs directories : /home/yeroslaviz/miniconda3/envs
                      /home/yeroslaviz/.conda/envs
      package cache : /home/yeroslaviz/miniconda3/pkgs
                      /home/yeroslaviz/.conda/pkgs
       channel URLs : https://repo.continuum.io/pkgs/main/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/main/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/noarch
        config file : None
         netrc file : None
       offline mode : False
         user-agent : conda/4.3.30 requests/2.18.4 CPython/3.6.3 Linux/4.4.0-72-generic debian/stretch/sid glibc/2.23    
            UID:GID : 1000:1000

谢谢。

- Assa Yeroslaviz

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我正在查看该工具的environment.yml，它非常不充分，即许多软件包缺乏明确的版本，而主要的核心软件（例如Python和R）只有下限。我想请求作者发送一个包括所有版本的YAML文件。否则，结合这是大约2016年的事实，我认为搜索空间过于庞大，存在问题。 - merv

你可以使用以下命令创建一个名为myenv的Python 3.8环境：conda env create --file environment.yml -n myenv python=3.8（顺便提一下，你也可以使用conda env export > environment.yml命令创建环境文件，它会自动添加pip依赖项）。 - Charlie Parker

这已经关闭了，但谢谢。 - Assa Yeroslaviz

Answer 1

conda create --file environment.yml -n viper 无法正常工作。这个命令试图将environment.yml 中的每一行解析为软件包名。

您应该使用 conda env create --file environment.yml -n viper。

只需耐心等待冲突解决即可。

- Simba

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谢谢你的回答。我已经等了，终于来了 :-) - Assa Yeroslaviz

不要忘记指定Python版本，例如：conda env create --file environment.yml -n myenv python=3.8（顺便说一下，您可以使用conda env export > environment.yml创建环境，它会自动添加pip依赖项）。 - Charlie Parker

为conda env创建YAML格式，却没有为conda create创建，这是谁的好主意？请问需要翻译什么其他的吗？ - user5359531

@user5339351，我认为那是Jo。 - Diego-MX

只是一个小建议，不要使用 conda env export > environment.yml，因为这会创建一个通常在系统之间不可移植的巨大的 environment.yml。通常情况下，conda env export --from-history > environment.yml 更好。使用 mamda 而不是 conda 更好。 - KeithWM