保留整数格式的栅格数学运算(R- Raster math)

Question

保留整数格式的栅格数学运算(R- Raster math)

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我有一些大型栅格图像（每个约110 MB），我想对其执行一些栅格计算。在本示例中，我想对SNDPPT_M_sl1_1km_ll.tif和SNDPPT_M_sl2_1km_ll.tif进行求平均值，可在此网站上下载。实际上，数学运算会更加复杂（需要对多个栅格进行乘法和除法）。

两个输入栅格都是整数（INT1U）数据，我希望输出也是INT1U。但是，每当我尝试进行栅格计算时，它就会创建浮点格式的临时文件，这些文件非常大。我的笔记本电脑只有约7 GB的可用硬盘空间，在计算完成之前就会被填满。

# load packages
require(raster)

## script control
# which property?
prop <- "SNDPPT"

# load layers
r.1 <- raster(paste0("1raw/", prop, "_M_sl1_1km_ll.tif"))
r.2 <- raster(paste0("1raw/", prop, "_M_sl2_1km_ll.tif"))

# allocate space for output raster - this is about 100 MB (same size as input files)
r.out <- writeRaster(r.1, 
                     filename=paste0("2derived/", prop, "_M_meanTop200cm_1km_ll.tif"), 
                     datatype="INT1U")

# perform raster math calculation
r.out <- integer(round((r.out+r.2)/2))  

# at this point, my hard drive fills due to temporary files > 7 GB in size

请问有没有办法在R中进行光栅运算，同时使用整数输入和输出文件，并在最小化或避免非常大的中间文件的情况下进行操作？

- Sam Zipper

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我不熟悉raster包，但你可以试试看r.out <- (r.out+r.2) %/% 2)是否可行？（虽然不完全符合你的要求，但很接近） - Stefan F

1个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- lbusett · Accepted Answer

这里的技巧可能是使用raster::overlay进行计算，并同时将结果保存为压缩tiff格式。类似这样的代码应该可以工作：

library(raster)
#> Loading required package: sp
# load layers
r.1 <- raster("C:/Users/LB_laptop/Downloads/SNDPPT_M_sl1_1km_ll.tif")
r.2 <- raster("C:/Users/LB_laptop/Downloads/SNDPPT_M_sl1_1km_ll.tif")

out <- raster::overlay(r.1, r.2,
                       fun = function(x, y) (round((x + y) / 2)),
                       filename = "C:/Users/LB_laptop/Downloads/SNDPPT_out.tif", 
                       datatype = "INT1U", 
                       options  = "COMPRESS=DEFLATE")
> out
class       : RasterLayer 
dimensions  : 16800, 43200, 725760000  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -180, 180, -56.00083, 83.99917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : C:\Users\LB_laptop\Downloads\SNDPPT_out.tif 
names       : SNDPPT_out 
values      : 0, 242  (min, max)

HTH.