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R语言中的千层饼图

rgraph
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我一直在阅读关于R中的千层面图。在链接的论文附录中，作者有很多实现这些图的代码。但它是一个pdf文件，我无法复制到RStudio中（至少我还没有弄清楚如何）。是否有人将这些代码制作成软件包或以更可用的格式提供了代码？

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这些看起来很好吃，+1...从浏览图1来看，我猜想一些有针对性的heatmap()使用可能会让你朝着某个方向前进... - texb
尝试联系论文作者不是更容易吗？ - joran
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@Joran 我已经这样做了，但我没有收到回复。我想也许有其他人已经做过了，所以我想在这里问一下。另外，我还宣传了一个很酷的情节。 - Peter Flom
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根据PDF的类型而定：如果您选择文本工具（在Adobe Reader或您选择的PDF查看器中），则无法复制和粘贴？另一种选择是通过Calibre运行PDF文档。但是：我在您链接的文档中没有看到任何代码。代码本身在哪里？ - Carl Witthoft
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该补充材料中的语法看起来确实很笨拙：Swihart等人似乎定义了具有30多个参数的绘图函数，而没有设置任何默认值；出于实际原因，如果有人真正阅读了论文中的描述并定义了自己的实现（并可能足够友好地在下面发布），甚至可能更有效。 - texb
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3个回答
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当时可行了。谢谢。无论如何，现在有关Lasagna图的参考资料在这里了。但是，鉴于@TexB的评论，我不确定是否应该将其标记为已回答，因为可能有更好的代码。 - Peter Flom
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拉萨尼亚图看起来就像热力图，虽然名字很可爱。其他软件包中的热力图绘制得非常好。考虑 Carl Witthoft 指出的代码中的第一个示例图。您可以像这样在 ggplot 中复现它：

## Create the data
palette <- brewer.pal(4, "PuOr")[-2]
## the matrix containing data for Figure 02a
H.mat <- matrix(NA, nrow=4, ncol=6)
H.mat[1, 1:6] = 100*c(2, 1, 1, 1, 1, 2)
H.mat[2, 1:6] = 100*c(2, 2, 2, 3, 2, 1)
H.mat[3, 1:6] = 100*c(2, 2, 1, 1, 1, 3)
H.mat[4, 1:6] = 100*c(3, 3, 2, 1, 2, 3)

library(ggplot2)
library(reshape2)
rownames(H.mat)<-c('P1','T1','P2','T2')
colnames(H.mat)<-seq(ncol(H.mat))
names(dimnames(H.mat))<-c('Subject','Time')
H.df<-melt(H.mat)

根据您的需求，您可以获得不同类型的着色。

# For continuous values.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=value)) + geom_tile(colour='black')

enter image description here

# If you consider the value to be categorical.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=factor(value))) + 
  geom_tile(colour='black')

enter image description here

# If you want those exact colours the author used:
col<-palette[match(ordered(H.df$value),levels(ordered(H.df$value)))]
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=col)) + 
  geom_tile(colour='black') + scale_fill_identity()

enter image description here

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我无法弄清楚如何正确使用作者所用的确切颜色，因此我使用了一个不太正规的方法。如果有人能告诉我如何以更自然的方式向ggplot提供自定义颜色，那么请告诉我，我会更改答案。 - nograpes
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我认为你已经明白了！ - Peter Flom
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原文链接