升级R到3.0.1后，rpy2无法工作。

Question

我有一个使用内部rpy2的python脚本。这个脚本之前一直在运行，但最近突然停止工作了。出现了之前从未见过的错误。以下代码可以重现这个错误：

$ python
Python 2.6.1 (r261:67515, Jun 24 2010, 21:47:49) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5646)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import rpy2.robjects as robjects
cannot find system Renviron
Error in getLoadedDLLs() : there is no .Internal function 'getLoadedDLLs'
Error in checkConflicts(value) : 
".isMethodsDispatchOn" is not a BUILTIN function
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-    universal.egg/rpy2/robjects/__init__.py", line 17, in <module>
from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/robject.py", line 9, in <module>
class RObjectMixin(object):
File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.5dev_20120328-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/robject.py", line 22, in RObjectMixin
__show = rpy2.rinterface.baseenv.get("show")
LookupError: 'show' not found

我不知道为什么这个不起作用。有没有办法修复它。

- Sam

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您正在升级哪个版本的 R？ - joran

我从R 3.0升级了。 - Sam

Answer 1

这个页面描述了一个可能的解决方案（至少，作者描述的问题看起来非常相似）：显然，rpy2必须重新编译，并给出新版本的R作为参数。

- Bertrand Moreau

Answer 2

rpy2-2.2.5属于之前的系列（2.2.x），可以与旧版本的R一起使用（R不断发展）。

当前的rpy2版本是2.3.x系列（最新版本为2.3.6），但它们需要Python 2.7或Python 3.3（如果你想使用最新的R，你需要获取最近的Python版本；-)）。

- lgautier

Answer 3

提醒：对于Mac用户：按照@Bertrand Moreau分享的链接，以下方法适用于Mac OS X 10.7.5和R 3.0.1：

cd /Users/xx/Downloads/rpy2-2.3.7
export LDFLAGS="-Wl,-rpath,/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib"
sudo python3.3 setup.py build --r-home /Library/Frameworks/R.framework/Resources install
sudo python3.3 setup.py install

我本来想在上面发表评论，但是格式丢失了。我是一个 SO 的新手！

- Matthew Cornell

Answer 4

在使用anaconda和python2.7的ubuntu 14.04中，解决方法如下： conda install -c https://conda.anaconda.org/r rpy2 这个命令可以在命令行中运行，也可以在pycharm终端中运行。但是，在pycharm中仍然无法正常工作，并且我会得到与OP相同的错误。

它现在可以在pycharm终端中工作，但不能在pycharm中正常工作有点奇怪。

- Sudipta Basak

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这在Mac OS X（El Capitan）上的Anaconda中也适用。 - Miles Erickson

Answer 5

我遇到了类似的问题，我只是卸载了然后重新安装了rpy2，现在它可以正常工作了。

- shadowprice