如何从图中获取顶点ID

Question

请考虑以下内容

library(igraph)
id <- c("1","2","A","B")
name <- c("02 653245","03 4542342","Peter","Mary")
category <- c("digit","digit","char","char")
from <- c("1","1","2","A","A","B")
to <- c("2","A","A","B","1","2")

nodes <- cbind(id,name,category)
edges <- cbind(from,to)

g <- graph.data.frame(edges, directed=TRUE, vertices=nodes)

现在我想使用我用来从数据帧创建图形的ID访问特定顶点，例如id < - c("1","2","A","B")。比如我想要访问第三个顶点-最初被标识为"A"。是否有办法通过类似下面的方式访问该顶点：

V(g)$id == "A"

有没有办法从name获取id？也就是说，如果我运行

which(V(g)$name == "Peter")

我得到了数字3。如何获取A而不是它？

- CptNemo

Answer 1

首先，igraph将顶点属性name用作顶点的符号标识。建议您将ids添加为name并为其他属性使用另一个名称，例如realname。

但是，如果您使用符号名称，则通常不需要知道数字id，因为所有函数也应接受（好吧，他们应该接受）符号id。例如，如果您想要Peter顶点的度数，可以直接使用degree(g, "Peter")。

如果您确实需要数字id，可以执行以下操作：

as.numeric(V(g)["Peter"])
# [1] 3
match("Peter", V(g)$name)
# [1] 3

如果你想从你的示例中通过 name 获取到 id，你可以直接使用结果来索引那个向量。

id[ match("Peter", V(g)$name) ]

- Gabor Csardi

---

按照您的示例，假设我知道在我的图形中 V(g)$name 是 Peter，我想找到相应的符号名称 (A)。如果我执行 which(V(g)$name == "Peter"，我会得到索引（3），而不是符号名称（A）。 （我更新了我的问题） - CptNemo

（在我的例子中，name 和 id 是生成数据框中的不同向量。） - CptNemo

我明白了。igraph使用顶点属性name作为符号ID。您仍然可以使用match，并使用结果索引id：id[match("Peter", V(g)$name)]。 - Gabor Csardi

我发现对于某些函数，无论是否有“名称”属性，计算时间差别很大。例如强度函数： - yliueagle

仅作指出，as.numeric(V(g)["Peter"]也可以以矢量方式运行，以便快速给出所有ID，即as.numeric(V(g)[name]。 - nate

Answer 2

这个答案可能会有用。我的建议与 @Gabor Csardi 相同，使用 id 作为名称，real_name 作为姓名。

library(igraph)
name <- c("1","2","A","B")
real_name <- c("02 653245","03 4542342","Peter","Mary")
category <- c("digit","digit","char","char")
from <- c("1","1","2","A","A","B")
to <- c("2","A","A","B","1","2")

nodes <- cbind(name,real_name,category)
edges <- cbind(from,to)

g <- graph.data.frame(edges, directed=TRUE, vertices=nodes)

list.vertex.attributes(g)
#Output: [1] "name"      "real_name" "category"
which(V(g)$real_name == "Peter")
#Output: [1] 3
V(g)$name[which(V(g)$real_name == "Peter")]
#Output: [1] "A"

- rykhan