iGraph图中的顶点名称在哪里？

Question

我的一般问题是，使用iGraph生成图时，我丢失了顶点名称/标签（对于正确的单词不确定）。

我有一个二分网络的边缘列表IC_edge_sub，看起来像下面这样：

  new_individualID new_companyID
1             <NA>     10024354c
3        10069415i      2020225c
4        10069415i     16020347c
5        10069272i      2020225c
6        10069272i     16020347c
7        10069274i      2020225c

然后我创建了一个图形元素：

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types = 
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后折叠它，只识别公司ID之间的连接。

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types =   
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后获取邻接矩阵：

CC_matrix_IC_based <- get.adjacency(CC_graph_IC_based); CC_matrix_IC_based

在iGraph中，节点编号从零开始，因此矩阵命名也从零开始。但是，我现在需要在最终的CC_matrix_IC_based矩阵中使用edgelist中第二列指定的"new_companyID"作为行名和列名。

请问，如何使用原始edgelist中的信息将其放入最终的邻接矩阵中的行名和列名中？

我在谷歌上搜索并查找了Stack Overflow，但并没有找到真正有效的答案。感谢您的帮助。

- Henning Piezunka

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感谢 Andrie 的编辑。我没有看到我的写作所造成的问题。非常感激。 - Henning Piezunka

Answer 1

在igraph中，顶点名称通常存储在名为name的顶点属性中。因此，如果您的图形存储在变量g中，则可以使用V(g)$name来检索所有顶点的名称。

- Tamás

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很遗憾，这在我的情况下不起作用。我只是得到了一个空值，太糟糕了。有没有其他替代的想法呢？抱歉，但我真的被卡住了。 - Henning Piezunka

如何获取数字顶点ID和名称之间的关系？ - pengchy

@HenningPiezunka 当顶点属性列表不包含“name”条目时，就会出现这种情况，但您仍然可以使用形式为vertex_attr(g, "name") <- c("vector", "of", "names")的语法进行设置，可选择使用“index”参数选择顶点子集，默认为“index = V(graph)” 。请参阅查询图的顶点属性下的文档。 - Anil

Answer 2

重要问题是我在生成图表时没有保存名称。之后，我需要确保不会丢失数据。以下是整体解决方案：

# Subsetting / triangulating data for selected games
GC_edge_sub <- subset (GC_edge, mb_titleID %in% loggames_yearly_sample$mb_titleID)
GC_edge_sub <- subset(GC_edge_sub, select = c("new_titleID", "new_companyID"))
head(GC_edge_sub)

# Generating the vertex names
vertex_new_companyID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_companyID))
vertex_new_titleID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_titleID))
vertex <- rbind(vertex_new_companyID, vertex_new_titleID)

# Creation of GC_twomode
GC_twomode <- graph.data.frame(GC_edge_sub, vertices = vertex)
GC_projected_graphs <- bipartite.projection(GC_twomode, 
                                            types = is.bipartite(GC_twomode)$type)
GC_matrix_GC_based <- get.adjacency(GC_twomode)
dim(GC_matrix_GC_based)

# Collapsing the matrix
# Be aware that if you use the classical command 
# `CC_graph_GC_based <- GC_projected_graphs$proj2` 
# it collapses, but looses the colnames and rownames
# I thus: a) create a subset of the adjacency matrix; and
#         b) create the lookef for matrix by multiplication
rowtokeep <- match(vertex_new_companyID$names, colnames(GC_matrix_GC_based))
coltokeep <- match(vertex_new_titleID$names, rownames(GC_matrix_GC_based))
GC_matrix_GC_based_redux <- GC_matrix_GC_based[rowtokeep, coltokeep]
# We now have a CG matrix.Let's build from this a GG matrix.
CC <- GC_matrix_GC_based_redux %*% t(GC_matrix_GC_based_redux)

- Henning Piezunka

Answer 3

顶点名称存储在label属性中。

如果g是图形，则可以通过V(g)$label访问顶点名称。

- Vishwas Kukreti

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在发布解决方案之前，请检查先前的答案，您的答案只会重复先前已经发布的信息。谢谢。 - Leroy Tyrone