图像堆栈的最大强度投影

Question

我正在尝试重新创建这个函数

max(array, [], 3)

这里需要翻译的内容是：从MatLab开始，它可以处理我的300x300像素图像堆（我在这里说“图像”，因为我正在处理图像，实际上这只是一个大型双重数组），300x300xN，并创建一个300x300数组。如果此函数运行效率低下，我认为会发生的是它会逐个解析每个（x，y）点，然后从整个z轴中取最大值，然后使用整个数组的最大值和最小值进行归一化。

我尝试在Python中重新创建这个过程：

# Shape of dataset: (300, 300, 181)
# Type of dataset: <type 'numpy.ndarray'>
for x in range(numpy.size(self.dataset, 0)):
    for y in range(numpy.size(self.dataset, 1)):
        print "Point is", x, y
        # more would go here to find the maximum (x,y) value over Z axis in self.dataset

一个非常简单的X,Y迭代器。但是，当我运行这段代码几毫秒后，我的IDE崩溃了，而且它感觉很粗糙和低效。

我是否遗漏了什么？我是Python的新手，因此这里的答案对我来说不太清楚。是否有现有的函数可以执行此操作？

- NeurologicalApex

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你应该在问题中发布一个小的样本数据集，比如10103的维度，这将有助于其他人提供建议。 - rnso

我认为你的问题在于返回self.dataset数组大小。你可以尝试使用以下代码来获取正确的数组维度：dim1 = len(self.dataset) dim2 = len(self.dataset[0]) dim3 = len(self.dataset[0][0])。 - Mohammad nagdawi

MATLAB的max函数不会进行归一化处理，它只是针对每个i和j的组合取array(i,j,:)的最大值。 - Cris Luengo

max(array, [], 3) 的 Numpy 等效函数是 np.amax(array, axis=2)。这两个函数都没有归一化处理。 - buzjwa

Answer 1

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from skimage import io

path = "test.tif"
IM = io.imread(path)
IM_MAX= np.max(IM, axis=0)
plt.imshow(IM_MAX)

- Seyed Mostafa Mousavi Kahaki

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np.max()中的轴参数需要设置为2，这样您才可以获取z轴的最大值。 - Kai Winkler

@kai 不，原回答是正确的。skimage将图像轴读作（plane，row，column），因此axis=0是平面，即z轴。 - user115625