我试图在高层次上理解R Markdown和R NoteBook之间的区别。我知道它们是相互关联的，但我想弄清楚它们之间的关系。我的理解是：
我知道R Notebooks实际上是R Markdown文档，但我对术语感到困惑。
RStudio的新文件选项既有R Markdown也有R NoteBook，选择其中任意一个都会打开一个R Markdown文件，但是有些细微差异。因此，只是想弄清楚为什么有两个选项以及两者之间的区别？
我知道R Notebooks是最近推出的，而R Markdown已经存在一段时间了。部分的混淆可能是因为在R Notebook推出之前我从未使用过R Markdown，所以我的相关或更具体的问题是：
R NoteBook与仅使用R MarkDown有何不同，或者R NoteBook带来了哪些新功能？
在网络搜索中，所有的结果都指出R Notebook使用R Markdown，但我没有找到关于两者之间具体区别的任何帮助。
html_notebook，则没有预览按钮。
正如你所看到的，预览选项会出现，但你也可以将其编织成任何格式。这样做时，它将添加到头部代码中。
而且预览选项在下拉菜单中没有显示
最近我看到了这篇文章，让我对 R Markdown 和 R Notebook 的问题有了清晰的认识。http://uc-r.github.io/r_notebook
以下是几个相关的内容：
编写 R Notebook 文档与编写 R Markdown 文档没有什么区别。文本和代码块语法与你在 R Markdown 教程中学到的一样。主要区别在于 R Notebook 的交互性。主要表现为在执行 R Markdown 文档中的代码块时，所有代码会一次性发送到控制台，但在 R Notebook 中，只有一行代码会被发送。这样，如果某一行代码发生错误，就可以停止执行。
还有关于在 RStudio 中创建 R Notebook 时的 Knit vs. Preview：
预览将显示编辑器内容的呈现 HTML 副本。因此，与 Knit 不同，Preview 不运行任何 R 代码块。相反，显示的是上次在编辑器中运行代码块的输出。
希望你觉得有用。
最重要的区别之一并没有从上述答案中完全清晰地体现出来。
来自Bookdown 书籍3.2.1.3节：
编辑器工具栏上的
运行菜单中还有一个重新启动 R 并运行所有块项目，该项目在运行所有块之前为您提供了一个新鲜的 R 会话。这类似于编织按钮，它启动一个单独的 R 会话来编译文档。
换句话说，编织会创建一个新环境并在其中运行所有代码。相比之下，R Notebook 使用全局环境来呈现 HTML 文件。实际上，在 R Notebook 中，每次保存.Rmd文档时，HTML 文件都会发生更改。预览按钮仅以其当前状态打开 HTML 文件。没有代码被运行。预览文字字面意思就是：它只显示已完成的内容。
.Rmd，但没有运行任何代码块，则HTML文件将渲染所有的标记和输入代码，但不会显示任何输出。或者，假设在控制台中定义了一些变量x，但没有在代码块中定义。如果您尝试在R Notebook中的某个地方使用x，它将正常工作。预览HTML文档也将正常工作。另一方面，编织文档将生成“未知变量”错误，因为编织在新环境中运行所有代码，并且变量x从未在任何markdown文件中定义过。两者之间的区别在于，在R Notebook中，您可以编写Markdown和R代码块，并直接执行它们并立即查看结果。它有点像一个自用的笔记本。
R Markdown 用于创建漂亮的html、pdf或Word文档输出，结合了Markdown和R代码块。这里可以找到简短的介绍和动机。
相似之处： R Notebook 和 R Markdown document非常相似。Markdown格式适用于两种文件类型。这两种文件格式都可以用于向他人传达代码、结果和评论。用户可以选择将创建的文档编织成HTML、PDF和WORD输出格式。如果代码中有错误，就不会生成输出。运行文件的快捷键是：CTRL+SHIFT+K，插入代码块的快捷键是：CTRL+ALT+I。
R Markdown文档： Rmd文档可以通过向导进行配置，并提供了可重现性文档、演示幻灯片、闪亮应用程序等选项，还可以从模板创建文档。如果更改了代码，则在Rmd输出中执行该输出。它不提供预览文档的选项。YAML头文件的输出格式为：output: html_document
R Notebook文档： R nb文档直接启动，不会出现向导（如.RMD）。除笔记本文件外，还会生成一个扩展名为*.nb.html的附加html文件。笔记本具有预览选项。如果更改或编辑任何代码，则不会显示新的输出。输出仅在代码编辑器中呈现旧输出。要显示代码输出，我们需要执行块，然后它将出现在输出中。YAML头文件的输出是：output: html_notebook
YAML头文件：如果我们从一个文件更改YAML头到另一个文件，它将更改文档的类型。例如，您有一个YAML标头为html_notebook的R笔记本。如果更改了YAML头，则您的R笔记本将转换为R Markdown文档。
如果必须选择其中一种，请使用RMarkdown文档，因为它提供更多控制，并在编织时立即更新文档。
这是我发现的一个实际区别：
当您需要注释掉一部分文本时，RMarkdown 会在每行文本中插入 # 标记，而 RNotebook 则会将文本封装在一对 <!-- 和 ---> 标记之间（就像 html 文件一样）。
有人可能会说这只是微不足道的差异。然而，正是因为这个原因，我现在总是使用 RNotebook（而不是 RMarkdown）来撰写所有文档。在其他方面，它们看起来相同（至少对于我的需求，如生成 html 和 pdf 文档）。
否则，我的注释突然变成了标题，例如下面的示例：
# This part is commented out, but will show as Heading 1 font text
<!-- --> 来注释文本块。只有代码块使用 # 进行注释。我的 RStudio 版本是 1.3.1056。 - Rafshttp://rmarkdown.rstudio.com/r_notebooks.html#notebook_file
普通的R Markdown文档是“编织”(knit)的，而笔记本是“预览”(preview)的。 虽然笔记本预览看起来类似于已呈现的R Markdown文档，但是笔记本预览不会执行任何R代码块。
来自jrnold：
R Notebook文件在编辑器中显示输出，同时隐藏控制台。R Markdown文件在控制台中显示输出，并且不在编辑器中显示输出。它们的YAML头部分的output值不同。
R Notebook的YAML头部分将有以下行：
---
ouptut: html_notebook
---
ouptut: html_document
将R Notebook中的YAML头部复制到R Markdown文件中，可以将其转换为R Markdown文件，反之亦然。更具体地说，将output的值更改为This is because RStudio IDE在打开文件时，以及rmarkdown包在编织文件时，使用文件的YAML头部，特别是YAML头部中output键的值来确定文档类型。
一个R文件中包含着R编程语言的代码。
而另一方面，R Markdown是一个Markdown文件（"Markdown是一种轻量级标记语言，用于使用纯文本编辑器创建格式化文本"来自daringfireball.net/projects/markdown），其中嵌入了R代码块。
R代码块允许在RStudio中运行整个块或单个行。更重要的是，当您导出R Markdown文件时，您会发现Markdown文本显示为文本，而R代码块默认情况下显示为灰色的代码块。 RMarkdown旨在使R更具动态性，特别是用于创建报告。 R Markdown已被科学界广泛用于生成报告。