我正在尝试创建神经网络图的硬拷贝图像,但一直失败。如果我尝试创建PNG格式,没有任何输出;如果我尝试生成PDF格式,将得到一个小文件输出,并且无法打开,出现“文件可能已损坏”的错误提示。如果让它在图形窗口中显示,图像会正常显示。
我使用的是OS X(10.7.4)上由Macports构建的2.15.1版本。我目前正在使用以下代码:
我使用的是OS X(10.7.4)上由Macports构建的2.15.1版本。我目前正在使用以下代码:
library(ALL)
library(neuralnet)
data(ALL)
ALL.pdat <- pData(ALL)
bt <- factor(substring(ALL.pdat$BT,1,1))
all.sds <- apply(exprs(ALL),1,sd)
top.10.sds <- rank(all.sds)>length(all.sds)-10
exprs.top.10 <- as.data.frame(t(exprs(ALL)[top.10.sds,]))
nn.data <- cbind(exprs.top.10, as.numeric(bt))
## Gene names start with a number, and that causes problems when trying to set up the
## formula for neuralnet.
col.names <- paste("g", colnames(nn.data), sep = '')
col.names[11] <- "bt"
colnames(nn.data) <- col.names
my.nn <- neuralnet(bt ~ g36108_at + g36638_at + g37006_at + g38096_f_at + g38319_at + g38355_at + g38514_at + g38585_at + g39318_at + g41214_at, nn.data, hidden = 10, threshold = 0.01)
summary(my.nn)
pdf("./nn-all.pdf")
plot.nn(my.nn)
dev.off()
png("./nn-all.png")
plot.nn(my.nn)
dev.off()
我甚至重新启动了计算机以确保所有内存都被清除,但这并没有帮助解决问题。