knitr pandoc：“无法使用pdf writer生成pdf输出”

Question

knitr pandoc：“无法使用pdf writer生成pdf输出”

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注意：使用pandoc()在knitr中时，当尝试将.md或.Rmd编译为PDF时可能会出现错误。

我正在简化可重复性研究的过程，这已经被许多人记录下来。我正在使用pandoc和knitr生成优秀的文档。我还试图为一些不太擅长编程的同事简化流程，但我们仍然想要使用类似的文件。有几个“用户友好”的以markdown为中心的编辑器可供选择，出于几个原因，我倾向于使用RStudio（对于他们，对于我来说是emacs/ess，但这是不同的）。

我的工作流程：给他们一个markdown (.md或.Rmd)文件，让他们能够进行更改，并可以重新呈现为PDF。不幸的是，RStudio不允许设置模板或其他任意的pandoc配置参数（例如章节，number-sections），所以在这里使用pandoc()在R/knitr中是很有意义的。

使用whitepaper.Rmd作为输入文件，在R中运行pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')，立即得到以下结果：

> pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')
executing pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -t pdf -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"
pandoc.exe: cannot produce pdf output with pdf writer
Error in (function (input, format, ext, cfg)  : conversion failed

我在knitr特定的头部中明确地加入了"t:latex"，但是即使没有它，pandoc()仍然会向系统调用添加"-t pdf"，而这是pandoc.exe不接受的。

通过故障排除，如果我删除'-t pdf'，该命令就可以正常工作，因此似乎输入文件本身没有问题：

> system('pandoc  -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"')

有很多关于此主题的对话：14586177、14508429、15258233以及广受讨论的11025123。它们都解决了需要命令行工作、额外中间步骤、外部Makefile或者knit2pdf()(使用texi2pdf，不是所需)的解决方案。

我认为制约条件如下：

在R环境中易于操作；
利用Yihui的""文件配置(例如，使我可以在我的模板之间任意切换)；
最好使用单一的"标准化"命令执行此操作(例如，"pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')")。

...因此，一旦在文件中设置了参数，编辑和重新渲染就相对容易。

我可以打补丁并覆盖Yihui的knitr:::pandoc_one()以删除多余的'-t'和格式，但我想知道这可能会在其他地方产生什么副作用。这个解决方案不可持续，也不是"正确的方法(商标)"。

有没有解决这个问题的"正确方法（商标）"？我是否漏掉了一种简单/明显的解决方案？

顺便说一句：感谢knitr的作者Yihui Xie和pandoc的作者John MacFarlane。真棒！(也许我可以向其中一个或两个提交补丁建议来解决我的用例，尽管如果只是我一个人，那可能不值得)。

- r2evans

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Ista · Accepted Answer

我认为你所需的所有信息都在?pandoc中，其中包括运行system("pandoc -h")以查看可能的输出格式的示例。从中你可以了解到：

输出格式：asciidoc、beamer、context、docbook、docx、dzslides、epub、epub3、fb2、html、html5、json、latex、man、markdown、markdown_github、markdown_mmd、markdown_phpextra、markdown_strict、mediawiki、native、odt、opendocument、opml、org、pdf*、plain、revealjs、rst、rtf、s5、slideous、slidy、texinfo、textile [*对于pdf输出，请使用latex或beamer和-o FILENAME.pdf]

因此，基本上format = "pdf"是无效的，你应该使用pandoc("tmp.Rmd", format = "latex", ext = "pdf")（实际上根据?pandoc，ext="pdf"部分是默认值，所以你只需要pandoc("tmp.Rmd", "latex")）。至于为什么pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')导致调用-t pdf，那是因为你在pandoc()调用的第二个参数中告诉它这样做。