如何从networkx图中删除float('nan')节点？

Question

我有一个包含float('nan')的数据集（pickle格式），需要将其删除。

在networkx中，可以将float('nan')添加为图中的节点。但是，我不知道如何将其移除。

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_node(float('nan'))
print(G.nodes) # [nan], so there is float('nan') in the graph
G.remove_node(float('nan')) # this statement raise a NetworkxError showing nan not in the graph

在 CoReRank-WSDM-2019 和 BirdNest 中，有关代码和数据。

可以有人帮我解决这个问题吗？提前感谢您。

- zxxml

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NaN 不等于 NaN。您可以使用 math.isnan() 来检查一个数字是否为 NaN，但我不知道是否有一种方便的方法在 networkx 中执行此操作，而无需手动循环遍历所有节点并检查它们的值。 - Niklas Mertsch

Answer 1

我们可以在一个简单的字典上进行测试，这是 NetworkX 图的基础数据结构。假设您有以下内容：

d = {'a':3, float('nan'):4}

如果我们试图访问NaN键，就像您尝试做的那样：

d[float('nan')]
> KeyError: nan

这个核心原因是因为一个NaN不等于它本身。

>>> float("nan") == float("nan")
False

这导致查找失败的原因，在这里很好地解释了（链接）。

一个解决方法是遍历图的键，识别NaN节点，然后使用对象的相同引用删除该键。

import math

G = nx.Graph()
G.add_node(float('nan'))
G.add_node(3)
print(G.nodes) 
# [nan, 3]

nan_nodes = []
for node in G.nodes():
    if math.isnan(node):
        nan_nodes.append(node)
G.remove_nodes_from(nan_nodes)

G.nodes()
# NodeView((3,))

- yatu

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我明白了。我将找到所有NaN节点并保存它们的引用。然后我可以调用G.remove_nodes_from()来删除它们。 - zxxml

您只能拥有一个相同节点。Nan节点不是也一样吗？@zxx上面的循环将它们全部从图中删除了。 - yatu