pip安装numpy出现问题 - RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

Question

pip安装numpy出现问题 - RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

142

我想在虚拟环境中安装numpy（以及scipy和matplotlib）。但我一直遇到这些错误：

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

----------------------------------------
Cleaning up...
Command python setup.py egg_info failed with error code 1

我已经安装了Xcode的命令行工具

$ which gcc
/usr/bin/gcc
$ which cc
/usr/bin/cc

我的电脑运行的是Mac OSX 10.9系统，使用的是brew安装的Python。

编辑
是的，我正在尝试使用pip进行安装。
整个回溯内容太大了（>400行）。

这里是其中的一部分：

C compiler: cc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -arch i386 -g -Os -pipe -fno-common -fno-strict-aliasing -fwrapv -mno-fused-madd -DENABLE_DTRACE -DMACOSX -DNDEBUG -Wall -Wstrict-prototypes -Wshorten-64-to-32 -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch x86_64 -arch i386 -pipe



compile options: '-Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -Inumpy/core/include -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c'

cc: _configtest.c

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

failure.

removing: _configtest.c _configtest.o

Traceback (most recent call last):

  File "<string>", line 17, in <module>

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 192, in <module>

    setup_package()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 185, in setup_package

    configuration=configuration )

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/core.py", line 169, in setup

    return old_setup(**new_attr)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line 152, in setup

    dist.run_commands()

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands

    self.run_command(cmd)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/egg_info.py", line 10, in run

    self.run_command("build_src")

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command

    self.distribution.run_command(command)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 153, in run

    self.build_sources()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 164, in build_sources

    self.build_library_sources(*libname_info)

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 299, in build_library_sources

    sources = self.generate_sources(sources, (lib_name, build_info))

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 386, in generate_sources

    source = func(extension, build_dir)

  File "numpy/core/setup.py", line 674, in get_mathlib_info

    raise RuntimeError("Broken toolchain: cannot link a simple C program")

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

- Ben

6

哈哈，“不能链接一个简单的C程序”。这么嘴利！ - Cameron Hudson

准备好迎接202X年会有大量新手自然而然地在他们喜欢的虚拟环境中安装python2.x，然后执行pip install mypackage，导致pip将它们带到这里。我认为python2的强制退出有点过于激进。一个具有python2和pip的工作虚拟机，能够正常运行5年或10年前编写的旧版python程序，将会得到很多硬币的交易。 - Eric Leschinski

13个回答

84

虽然它很丑，但似乎可以工作。

sudo ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future pip install --upgrade numpy

请注意，如果您在安装除numpy以外的软件包（例如lxml）时遇到此错误，请在命令末尾指定该软件包名称，而不是numpy。

我看到有人在安装gem时遇到类似的问题。在Mavericks和Xcode 5.1上安装Ruby Gem Json失败-未知参数：'-multiply_definedsuppress' 这只是一个临时解决方案，某个时候需要修复编译器选项。

- Derrick Shoemake

1

@Ben：顺便说一下，我也遇到了同样的问题（没有使用brew）。这是在更新Xcode到5.1之后出现的。然而丑陋，但目前看来这似乎是答案。 - orome

2

在XCode 5.1发布说明中有一个解释。 - badzil

在Yosemite下使用最新的Xcode，是否仍需要unused-command-line-argument-hard-error-in-future？似乎没有它也能正常工作（至少对于我尝试过的软件包而言）。 - orome

1

有没有Windows的解决方案？ - Zack Plauché

17

问题在于你无法编译。

首先，请确保你已经接受了Xcode的新条款和条件。要做到这一点，只需打开xCode并接受即可。

然后，尝试使用以下命令安装gcc：

brew install gcc

最后，请尝试使用

Numpy安装

pip install numpy

希望这能有所帮助。

- Desmond

这对我有用。问题是我没有打开Xcode并接受条款和条件。 - Stephens

对于那些运行 Big Sur Beta 的用户：(1) 下载并安装 Xcode 12.2 beta 3 的命令行工具 (2) 在终端中输入 sudo xcode-select --switch /Library/Developer/CommandLineTools (3) brew install gcc (4) pip install numpy。 - felipe

9

如果您不想使用sudo（这样使用venv时权限和其他类似的东西就会被保留），可以将ARCHFLAGS声明添加到您的.bash_profile文件中，然后像平常一样运行。在Mavericks和Xcode 5.1中，我用venv成功实现了这个操作。

在~/.bash_profile文件中：

export ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future 然后只需运行以下命令即可： pip install --upgrade numpy

- Brian

5

上面的sudo是用于系统范围安装的，如果在虚拟环境中运行则不需要使用。 - Eren Güven

8

如果你正在运行Linux发行版，特别是如果你看到类似于“sh：gcc：command not found”这样的日志行，你可能需要一个C编译器。你可以按照这里的说明进行操作，以下是我总结的步骤：

Fedora、Red Hat、CentOS或Scientific Linux

# yum groupinstall 'Development Tools'
Debian或Ubuntu Linux

$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install build-essential manpages-dev

然后你可以尝试重新运行：

sudo pip install numpy

- avyk37

6

在我的情况下，这发生在docker构建过程中。问题在于基础镜像没有固定到特定的Python版本，而numpy无法与新版本进行编译。

FROM python:3-slim  # BAD

我将其更改为以下内容后，它起作用了:

FROM python:3.8-slim  # GOOD

记得修复你的版本！:-)

- MoRe

今天我也遇到了同样的问题。看起来他们在3.9.0中删除了C编译器和相关的make工具。 - PF1

5

我只需要打开XCode并接受协议，让它安装工具即可。然后返回PyCharm，再次安装numpy，没有遇到任何问题。

- user3589327

5

在 Fedora 22 上，这个问题可以通过更新 pip 自身得到解决： sudo pip install --upgrade pip

- zenperttu

同样的解决方案也适用于在Big Sur上运行的MacOS的问题。 - Jack L.

4

对于遇到类似问题的 Fedora 用户，尝试安装以下软件包：

（如果未使用 python3，请使用 python-devel 和 pip 替代 pip3）

sudo dnf install python3-devel
sudo dnf install make automake gcc gcc-c++ gcc-gfortran
sudo dnf install redhat-rpm-config
sudo dnf install subversion

然后尝试。

sudo pip3 install numpy

- Ollegn

3

在某些情况下，当OS X升级XCode时，XCode会要求用户（具有管理员权限）接受新的许可证。在许可证被接受之前，尝试编译和链接代码时，clang和gcc将发出错误消息。或至少是python包。

如果您启动XCode并接受许可证，则不再显示错误。至少对我而言是这样。

- lukecampbell

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Willem Bressers · Accepted Answer

177

对于 Docker（Alpine）和 Python 3.x，这对我有效：

RUN apk update
RUN apk add make automake gcc g++ subversion python3-dev

- Willem Bressers

42

对于使用Docker Python3 Alpine镜像的任何人，这是解决方案。 - xssChauhan

5

我需要先执行一个“apk update”命令，否则会收到“ERROR: unsatisfiable constraints”的错误提示。 - yair

这也是docker python2 alpine镜像的解决方案。 - Eduard

11

我能够在alpine上仅使用gcc g++ make python3-dev来安装numpy/nmslib。这个特定问题的原因似乎是缺少c++编译器g++（从错误信息看，gcc和make已经被安装了）。其他重要的numpy构建部分是由python3-dev提供的Python3头文件。 - ThisGuyCantEven

2

不确定是否需要 subversion。官方的 Python Docker 基于 buildpack-deps，其中没有列出 subversion。 - phi

帮助我的软件包列表是 g++ jpeg-dev zlib-dev libjpeg make。不确定它们每个的作用是什么。 - havryliuk