如何在igraph中基于顶点的邻居属性创建顶点属性？

Question

例如，我如何计算每个顶点向男性指向的链接所占的比例？

g <- erdos.renyi.game(20, .3, type=c("gnp"), directed = TRUE)
V(g)$male <- rbinom(20,1,.5)
V(g)$male[10] <- NA

- Michael Bishop

Answer 1

以下是一种可能的（不一定最优）解决方案（这只是一行文字，我为了易读性而将其分开）：

unlist(lapply(get.adjlist(g, mode="out"),
       function (neis) {
           sum(V(g)[neis]$male, na.rm=T)
       }
)) / degree(g, mode="out")

现在让我们把它分成更小的部分。首先，使用get.adjlist(g, mode="out")获取图的邻接表。这会给你一个向量列表，每个向量包含一个顶点的出边相邻点。然后，我们使用lapply对此列表中的每个向量应用一个函数。要应用的函数如下：

function (neis) {
    sum(V(g)[neis]$male, na.rm=T)
}

该函数简单地获取节点在neis中的邻居，并使用它从整个顶点集V(g)中选择一部分顶点。然后检索此顶点子集的male属性，并对其值进行求和，在运行时删除NA值。本质上，该函数为您提供了neis中男性数量。

现在，回到我们的原始表达式，我们使用lapply将此函数应用于图的邻接列表，获得包含给定顶点的男性邻居数量的数字列表。我们使用unlist将此列表转换为单个R向量，并按元素逐个除以顶点的出度以获得比率。

- Tamás

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谢谢Tamas！除非我弄错了，当男性指示器缺失时，它的结果与male=0相同...将以下粗体代码添加到函数neis可能会使其正确吗？{ sum(V(g)[neis]$male, na.rm=T / sum(is.na(V(g)[neis]$male) } - Michael Bishop

sum(!is.na(V(g)[neis]$male))应该是您要的代码。 - Michael Bishop

没问题，但要注意除以零的情况；在您的情况下，我认为将分子视为“强零”是有道理的。最简单的方法可能是在列表中将NaN值替换为零。 - Tamás