在R中计算带有NAs的栅格数据的变异函数

Question

摘要：我有一个包含NA值的栅格数据集，想要在忽略NA值的情况下计算其半方差函数。我该怎么做？

我有一幅图片，使用readGDAL函数将其载入为im。如需复制，可在https://gist.github.com/2780792上查看图片的dput结果。我正在尝试显示此数据的半方差函数，但遇到了困难。以下是我尝试过的方法：

我尝试使用gstat包，但无法获得有效的函数调用。据我了解，我需要的基本上是数据值本身（im@data$band1）和坐标（coordinates(im)）。我尝试了各种命令，例如：

> variogram(locations=coordinates(im), y = im@data$band1)
Error in is.list(object) : 'object' is missing

并且

> variogram(coordinates(im), im@data$band1)
Error in variogram.default(coordinates(im), im@data$band1) : 
  argument object and locations should be lists

我在这里做错了什么？

由于似乎没有起作用，我尝试使用geoR包，使用以下命令调用：

> variog(coords=coordinates(im), data=im@data$band1)
variog: computing omnidirectional variogram
Error in FUN(X[[1L]], ...) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 4)

错误似乎与数据中存在NA有关，因此我尝试使用na.omit删除它们，但那样会保留所有的NA。这在某种程度上是有道理的，因为光栅文件必须在每个网格方格中有一些内容。是否有办法以某种方式删除NA，或者至少使variog命令忽略它们？任何帮助将不胜感激。

- robintw

Answer 1

如果传递给的数据对象是一个空间对象（您的数据是一个），则不需要指定位置，因为这些位置包含在数据中。

然而，显然值会导致问题，因此如果我们强制网格对象成为，这将删除值。 包含数据https://gist.github.com/2780792。

library(gstat)
point_data <- as(im, 'SpatialPointsDataFrame')
gstat_variogram <- variogram(band1 ~ 1, data = point_data)

使用 geoR

library(geoR)
geor_variogram <- variog(coords = coordinates(point_data), 
                          data = point_data@data$band1)

甚至更简单的方法是（因为`geoR`使用类为`geodata`的对象，并包含函数`as.geodata`，可以将`SpatialPointsDataFrame`转换为`geodata`对象）：

geor_variogram <- variog(as.geodata(point_data))

- mnel