从Github安装ggbiplot

Question

从Github安装ggbiplot

5

我正在尝试从Github安装ggbiplot的开发版本。在安装过程中，我遇到了以下错误信息：

library(devtools)
install_github("ggbiplot", "vqv")


Installing github repo(s) ggbiplot/master from vqv
Installing ggbiplot.zip from https://github.com/vqv/ggbiplot/zipball
Installing ggbiplot
* checking for file 'C:\Users\Muhammad Yaseen\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u\vqv-ggbiplot-2623d7c/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'ggbiplot':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking for LF line-endings in source and make files
* checking for empty or unneeded directories
* looking to see if a 'data/datalist' file should be added
* building 'ggbiplot_0.5.tar.gz'
cygwin warning:
  MS-DOS style path detected: C:/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
  Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
  CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
  Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

Warning: invalid package 'Yaseen/R/win-library/2.14'
Error: ERROR: cannot cd to directory 'C:/Users/Muhammad'
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz --library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' had status 1

任何想法解决这个问题。感谢您的帮助和时间。

编辑

从Github下载后，也尝试了。

install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos=NULL, type="source")

产生此错误消息的原因

Installing package(s) into ‘C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in untar2(tarfile, files, list, exdir) : unsupported entry type 'g'
Warning messages:
1: running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL -l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14"   "vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1 
2: In install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz’ had non-zero exit status

- MYaseen208

错误 ERROR: cannot cd to directory 'C:/Users/Muhammad' 结合 invalid package 'Yaseen/R/win-library/2.14' 表明问题出在你的目录路径中有空格（即 C:/Users/Muhammad Yaseen）。 - mathematical.coffee

@mathematical.coffee：我可以安装来自CRAN和Github的所有其他软件包，但只有这个具体的软件包出现了问题。不知道为什么？有什么解决办法吗？ - MYaseen208

建议您的R库路径或R路径中不要有空格。我猜测install_github中的某些内容没有引用路径以防止出现空格 - 请注意（在您的第一个错误日志中）它如何说“运行命令... R CMD INSTALL ... -library=C:/Users/Muhammad Yasseen/...”，并且周围没有引号C:/Users/Muhammad Yasseen/..？这就是问题所在。（带有空格的文件路径应该用引号括起来，以进行R CMD INSTALL类型的命令）。 - mathematical.coffee

2个回答

0

你无法解压 .tar.gz 文件，因为它会比你抓取快的速度清理该文件（我看到它出现并被删除了）。如果我错了，请纠正我，但是我也因同样的原因无法从 Github 上获取 devtools :S

- AJAMESGREEN

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- mathematical.coffee · Accepted Answer

由于您的Rlib路径中有空格：C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14，所以出现了这种情况。请注意，在第一个错误日志中警告消息是什么。

running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL 
C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
--library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' 
had status 1

特别地，--library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14。应该改为--library="C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14"以处理空格。使用install.packages可自动添加引号 - 可以看到使用install.packages时的第二个警告信息。

running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL 
-l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14"   
"vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1

-l "C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14"中有引号，因此您不会遇到相同的错误。

我快速查看了install-github源代码，并通过以下方式构建了R CMD INSTALL命令：

paste("CMD INSTALL ", built_path, " --library=", .libPaths()[1], sep="")

请看这个例子，注意中间没有双引号括起来的代码.libPaths()[1]，这可能是导致你出现问题的原因。关于如何解决问题——使用git生成的 .tar文件在使用install.packages()时会出现错误（可以看这里）。所以，你可以这样做： 1.将R库的位置更改为没有空格的其他地方；2.解压.tar.gz文件（我不知道Windows上有什么软件可以这样做），然后从解压出来的目录中安装，而不是从.tar.gz文件中安装。