在使用R中的lmer函数时，initializePtr()函数出现错误：包'Matrix'中没有提供'cholmod_factor_ldetA'函数。

Question

我正在尝试使用R中的lmer函数构建一个混合效应线性回归模型。我正在使用以下代码构建固定效应和混合效应模型，通过比较AIC来证明使用混合效应模型的合理性。我已经尝试多次重新加载lme4包并在上传之间重新启动（如其他问题中建议的），但这并没有解决错误。非常感谢您提前的任何指导。

    `# generate models
    m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
    m0.lmer = lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = T, data = CP)

    `# compare models
    AIC(logLik(m0.glm))
    AIC(logLik(m0.lmer))

    > m0.glm <- glm(SPL ~ 1, family = Gamma, data = CP)
    > m0.lmer = lmer(SPL ~ 1 + (1|Lunar), REML = T, data = CP)

    Error in initializePtr() : 
      function 'cholmod_factor_ldetA' not provided by package 'Matrix'`

- Ren

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你可能会受到Matrix软件包最近的更改的影响，请参阅r-package-devel邮件列表的存档，网址为https://stat.ethz.ch/pipermail/r-package-devel/2023q4/010051.html（以及下一条消息）。重新安装`lme4`可能就足够了。（此外，这与`rcpp`无关。） - undefined

感谢您的反馈，重新安装lme4并没有解决这个错误。 - undefined

欢迎来到StackOverflow，虽然有点晚了。你需要给我们更多的细节：你使用的是什么操作系统？你是通过二进制文件还是源代码安装的软件包？请查看我提到的消息：为了使其生效，你必须从源代码重新安装Matrix的依赖项。如果你安装的是二进制文件，实际上只是在“复制”错误。可悲的是，计算机也擅长这样做。 - undefined

非常感谢您提供的额外解释，从源代码重新安装解决了错误。 - undefined

很高兴听到这个好消息，对给您带来的不便表示抱歉！ - undefined

对于那些想知道如何从源代码重新安装lme4的人，你可以运行以下命令：install.packages("lme4", type = "source") - undefined

Answer 1

Matrix < 1.6-2 和 Matrix >= 1.6-2 是二进制不兼容的。当你在它们之间切换时，你必须重新安装那些链接到 Matrix 并且依赖于 Matrix ABI 的软件包，需要从源代码重新安装。

> tools::package_dependencies("Matrix", which = "LinkingTo", reverse = TRUE)[[1L]]
 [1] "ahMLE"               "bayesWatch"          "cplm"               
 [4] "GeneralizedWendland" "hibayes"             "irlba"              
 [7] "lme4"                "mcmcsae"             "OpenMx"             
[10] "PRIMME"              "robustlmm"           "spGARCH"            
[13] "TMB"                 "bcSeq"              

如果你有所需的工具[1]，那么你可以从源代码重新安装lme4。

install.packages("lme4", type = "source")

如果没有的话，您需要从存储库安装与Matrix和lme4兼容的二进制文件。并非所有存储库都提供兼容的二进制文件，但CRAN提供[2]，所以在大多数情况下以下操作应该有效：

oo <- options(repos = "https://cran.r-project.org/")
install.packages("Matrix")
install.packages("lme4")
options(oo)

请注意，一旦lme4 > 1.1-35.1发布，所有存储库中的二进制文件将自动重新构建。此时，只需简单地调用update.packages()即可使一切恢复正常，甚至无需显式设置repos。

另请参阅我在11月11日的R-package-devel邮件列表上的公告：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-package-devel/2023q4/010054.html

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1. Windows用户应按照这里的说明安装RTools；macOS用户应按照这里的说明安装Xcode和GNU Fortran命令行工具；Linux用户应已经拥有所需的工具。

2. 适用于Windows（R 4.2、4.3、4.4）、macOS x86_64（R 4.3）和macOS arm64（R 4.2、4.3）。

- Mikael Jagan