尽管使用64位版本，但在R中无法分配向量

Question

尽管使用64位版本，但在R中无法分配向量

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我正在尝试在R中执行dcast，生成一个矩阵，如我之前提出的另一个问题所示。然而，我遇到了这个错误：

“Error：无法分配大小为2.8GB的向量。”

我的台式电脑有8GB的RAM，我正在运行ubuntu 11.10 64位版本。我是否使用了错误版本的R？如何确定，在运行R时有确定的方法吗？我必须有足够的空间来分配这个向量。

- Dan Q

sessionInfo()会告诉你，你正在使用32位还是64位的R版本。 - Vincent Zoonekynd

好的，谢谢。确实我正在运行64位版本，所以现在我想知道为什么我可能无法分配向量。 - Dan Q

我的理解是，系统有多少RAM并不重要。如果您没有2.8GB的连续地址空间，您将会看到这个错误。 - joran

这是否意味着我无法缓解这个问题？有趣的是，我尝试在我的 MacBook Air 上用 4GB 的 RAM 在 R 中完成这个任务，它没有报错，但是却挂起了，可能最终会返回并抱怨缺乏内存。 - Dan Q

不，几乎总能找到答案。关于R的内存问题已经有了很多讨论。首先，在Stack Overflow上搜索"[r] cannot allocate"并进行一些阅读。 - joran

我在您之前的问题中发布了一种替代（更节省内存？）的答案，但不知道您是否使用较小的数据集来完成整个分析？ - Martin Morgan

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Gavin Simpson · Accepted Answer

该错误信息意味着R需要分配另外2.8Gb的内存以完成您尝试执行的操作。它并不意味着需要分配最大2.8Gb的内存。在运行该R代码时，在shell中运行top，观察R使用内存的方式，直到它达到额外2.8Gb地址空间不可用的点。

您的计算机上是否有大量交换空间？我可以很容易地看出您正在进行的操作如何使用了所有8Gb的RAM和所有的交换空间，因此没有其他地方供R获取内存空间，因此会出现错误。

也许你可以尝试分块进行dcast，或者尝试使用dcast以外的替代方法。如果需要帮助，请发布另一个问题。