R Markdown - 可变输出名称

Question

R Markdown - 可变输出名称

rmarkdownknitrr-markdown

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使用一个R Markdown文件，我想创建不同的可能的输出PDF文档，其中输出文件名应在文档中定义。有没有办法说服Markdown以这种方式操作输出文件名？理想情况下，我想通过r块传递文件名。

- Sosel

你能发一下你的命令吗？你想要动态地命名文件吗？paste0("file_",x,".pdf")? 这里的 x 可以是日期或数据集的名称。 - rmuc8

到目前为止，我一直在使用RStudio，执行knit命令而没有深入了解更多细节。但是我应该更仔细地看一下Ilyas的答案，听起来是一个更清晰的方法。 - Sosel

4个回答

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这基本上就是我所做的：

rmarkdown::render('my_markdown_report.Rmd',
                  output_file = paste('report.', Sys.Date(), 
                                      '.pdf', sep=''))

我有三个脚本 - 一个用于提取数据并进行处理，第二个为报告创建图表和表格。第三个根据Markdown文件创建报告。您在上面看到的代码是第三个脚本的一部分。

- ilya

到目前为止，我只使用RStudio的knit命令来编译一些Markdown文件。如果我理解正确，您使用R命令创建实际的Markdown文件，甚至使用R命令控制Markdown的编织？迄今为止，我还不知道这种方法，但我会仔细看看。到目前为止，我也在第一个脚本中准备数据并处理它，但在第二步时，我手动创建了一个Markdown文件，将各种数据源放入某个报告中。 - Sosel

是的，Markdown文件是独立的脚本，它可以读取数据、图表和表格。它可以从外部脚本调用，你也可以在Rstudio中启动/执行它，并创建同名文件。但我会从单独的脚本中调用它，在rmarkdown创建pdf结果文件后，将其复制到不同的位置。 - ilya

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我在没有完全理解如何工作的情况下玩了一下Knitr-hook，并遇到了一个丑陋的解决方法。下面的代码似乎能做到这一点。如果有人能解释为什么它起作用和/或是否可以写得更少丑陋，那就太好了。

目前我失去了闪亮的输入界面，但相信稍后甚至可以添加。好处是 R-Studio Knit 按钮仍然可以使用。

请注意，副标题和文件名都是：This Works!，即使带有空格和感叹号。该文件保存为 This Works!.pdf

通过将文本分配给对象 pSubTitle 来设置文件名和副标题。请注意，params 仍然在 YAML 中，但由于在 Knitr-hook 中进行了分配，所以不会导致闪亮的弹出窗口。

---
params: 
  sub_title:
    input: text
    label: Sub Title
    value: 'my_Sub_Title_and_File_Name'
title    : "Parameterized_Title_and_output_file"
subtitle : "`r params$sub_title`"
output:
  pdf_document:
    keep_tex: false
knit: (
  function(inputFile, encoding) { 
  
    pSubTitle <- 'This Works!'
  
    rmarkdown::render( 
      input       = inputFile, 
      encoding    = encoding, 
      params      = list(sub_title = pSubTitle),      
      output_file = pSubTitle) })
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. ....

- Floris Padt

0

我目前解决这个问题和类似问题的方案是通过两个脚本：

脚本1：“xxx.md”文件具有灵活的yaml头，类似于Floris Padt的。该头允许您生成具有指定标题、日期和其他功能的灵活pdf文件，如果更改参数。但是，它无法在呈现时指定灵活的pdf名称。

---
params: 
    feature_input: "XXXA"
    date: "08/18/2022"
title: "`Test For `r params$feature_input``"
author: "You Name"
date: "`r params$date`"
output: 
  pdf_document:

---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown and data process

```
#Get parameter from yaml head
input_para <- params$feature_input
input_para
```

第二个脚本： "YYY.R"，它在 xxx.md 文件中指定了 params，并在渲染时通过 output_file 指定了 pdf 文件名。

featureNames <- c("aaa", "bbb", "ccc")
setwd("path to xxx.md")
for (currentFeature in featureNames) {
  rmarkdown::render("xxx.Rmd", 
                    params = list(feature_input = currentFeature,
                                  date = Sys.Date()),
                    output_file=paste0("output/",currentFeature))
}

您可以在 yyy.R 文件中更新 featureNames，并运行 yyy.R 以获得对 xxx.md 文件最灵活的使用。

此解决方案使您能够：

更新 yaml 头参数，
在您的 .md 代码块中应用更新的 yaml 参数，
并以特定且灵活的名称保存您的 pdf。

- Raymond

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可以查看英文原文，
原文链接

- Louis Maddox · Accepted Answer

您可以使用未记录的knit钩子重新定义RStudio Knit按钮的功能（默认函数称为rmarkdown :: render），以保持使用YAML标头的可重复性。渲染函数的output_file参数指定文件名，因此通过设置它，您可以覆盖使用与输入文件名相同的前缀的标准行为。

例如，始终输出名为myfile.pdf的文件。

knit: (function(inputFile, encoding) { rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_file = file.path(dirname(inputFile), 'myfile.pdf')) })

这个函数可以是一个匿名的一行代码或者从一个包中导入，如这里所示并使用slidify。

你可以设置自己的YAML头信息（我不知道这是否被普遍建议），可以通过rmarkdown::metadata$newheader进行访问，但我认为这种类型的函数内部似乎不可用。

至于从R块中传递文件名...如果您是指YAML头下面的代码块，根据我的经验，我认为这是不可能的(?)。头可以包含内联R命令（单引号括起来的，以r开头），但似乎不适用于这种钩子函数。