如何使用基础图形避免过度绘制（点）？

Question

我正在为一篇论文制作图表，并决定（在stats.stackoverflow上的讨论后），为了尽可能传递更多信息，创建下面这个图表，前景中呈现平均值，背景中呈现原始数据：

不过，现在遇到的一个问题就是重叠。比如，标记点似乎只反映了一个数据点，但实际上该位置存在5个相同值的数据点。
因此，我想知道是否有办法在使用points函数的base graph中处理重叠。
最理想的情况是，例如相应的点变得更暗，或更粗等等。

手动完成这项任务不是一个选项（太多的图和像这样的点）。此外，我也不想学习ggplot2来解决这个单一的问题（其中一个原因是我倾向于喜欢不支持ggplot2的双轴）。

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更新： 我编写了一个函数，自动创建上述图形并通过添加垂直或水平抖动（或两者兼而有之）来避免重叠：查看！

此功能现在作为raw.means.plot和raw.means.plot2在plotrix软件包中提供（位于CRAN上）。

- Henrik

Answer 1

标准方法是在绘图之前向数据添加一些噪音。R语言有一个名为jitter()的函数，正好可以实现这个功能。您可以使用它向您的绘图坐标中添加必要的噪音。例如：

X <- rep(1:10,10)
Z <- as.factor(sample(letters[1:10],100,replace=T))

plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n")
axis(1,at=1:10,labels=levels(Z))

- Joris Meys

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我通过编写一个小函数来扩展这种方法，该函数只是向重复项添加抖动（即均匀噪声）。现在我很满意。 - Henrik

Answer 2

除了抖动之外，另一个好的方法是使用 alpha 混合，你可以在支持它的图形设备上获得第四个颜色参数。我在这个 Stack Overflow 问题中提供了一个“重叠绘图”两个直方图的示例。

- Dirk Eddelbuettel

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从来没有想过在这种情况下使用alpha混合，太棒了。您可以将两者结合起来，以便仍然可以看到每个点:plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n",col=rgb(0, 0, 0, 0.5)) - Joris Meys

Answer 3

对于显示点数的一般问题，有一个额外的想法可以使用地毯图(rug function)，它在边缘上放置小的刻度标记，可以显示贡献了多少个点(仍然使用抖动或透明混合进行并列)。这允许实际点显示其真实而不是抖动的值，但地毯可以指示哪些部分的图有更多的值。

对于示例图中，直接抖动或透明混合可能是最好的选择，但在某些其他情况下，地毯图可能是有用的。

- Greg Snow

Answer 4

您也可以使用sunflowerplot，但在这里实现可能会很困难。我会像Dirk建议的那样使用alpha-blending。

- mbq