在使用Eclipse编译简单的HDF5示例时出现“undefined reference to”错误

Question

我刚开始学习C语言和HDF5，所以我的问题可能很容易回答。

我尝试了一个示例代码，来自http://beige.ucs.indiana.edu/I590/node122.html，用于创建HDF5文件。

#include "hdf5.h"
#define FILE "file.h5"

main() {

   hid_t       file_id;   /* file identifier */
   herr_t      status;

   /* Create a new file using default properties. */
   file_id = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

   /* Terminate access to the file. */
   status = H5Fclose(file_id);
}

我尝试在Eclipse中编译这个程序，但是出现了5条错误信息。

make: *** [Read_HDF5] Error 1
skipping incompatible /usr/lib/libc.so when searching for -lc
undefined reference to `H5check_version'
undefined reference to `H5Fcreate'
undefined reference to `H5Fclose'

出了什么问题？

感谢您的帮助！！！

- smaica

Answer 1

您在编译时需要链接HDF5库。您遇到的错误意味着这些函数的代码丢失，因为您没有链接包含它们的库文件。最简单的方法是按照您提到的教程使用h5cc进行编译。否则，如果您想在Eclipse中进行编译，您需要搜索链接器标志设置并添加正确的标志，您可以通过在终端中键入h5cc -show找到这些标志。例如，对我而言，h5cc -show会输出：

clang -I/usr/local/include -L/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib /usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib/libhdf5_hl.a /usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib/libhdf5.a -L/usr/local/lib -lsz -lz -ldl -lm

逐一解释：

• clang是编译器。

• -I/usr/local/include 是一个标志，告诉编译器在 /usr/local/include 目录中搜索头文件。

• -L/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib 和 -L/usr/local/lib 是标志，告诉链接器在这些目录中搜索库。

• /usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib/libhdf5_hl.a 和 /usr/local/Cellar/hdf5/1.8.12/lib/libhdf5.a 是两个 HDF5 静态库的完整路径（告诉链接器链接它们）。

• -lsz, -lz, -ldl 和 -lm 是标志，告诉链接器链接库 sz, z, dl 和 m。

这可能过于复杂了。如果您的 HDF5 安装在标准位置，则只需将 -lhdf5 添加到链接器标志中即可。

- Simon

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我知道如何解决我的问题了：我同时包含了32位系统的库和64位系统的库。这就是跳过错误消息的原因。谢谢！ - smaica