去除自环和没有边的顶点。

Question

去除自环和没有边的顶点。

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我正在构建一个基因网络。我有一个双列数据框，我将其转换成邻接矩阵并在igraph中使用它。问题是我有一些带有自环的基因，我想去掉自环，然后从网络中去掉没有边（可能是孤立的）的顶点。我尝试了几种方法，但它们都不起作用。我的代码是：

 InnatedGraph <- graph.data.frame(innate,directed=FALSE)
 V(InnatedGraph)$label.cex = 0.4
 plot(InnatedGraph,vertex.label=V(InnatedGraph)$symbol, vertex.size=5)

innate是我的双列数据框。我已经尝试使用degree函数删除度数为0的顶点，但不幸的是它似乎不起作用（也许是因为自环基因的度数为1）。

bad.vs<-V(InnatedGraph)[degree(InnatedGraph) == 0] 
clean <-delete.vertices(InnatedGraph, bad.vs)

我尝试使用 BioNet 软件包中的另一个函数 "rmSelfLoops"，借助该函数，我能够删除自环边，但仍无法删除没有边的顶点。

test<-rmSelfLoops(InnatedGraph)

为了更容易理解，我还会附上我的网络图片。

- Saad

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在转换为igraph对象之前，从数据框中删除fromColumn和toColumns值相同的行？ - zx8754

1

请阅读关于“如何提出好问题”的信息和如何提供“可重现的示例”。这将使其他人更容易地帮助您。 - zx8754

@zx8754 非常感谢，我会尝试的！ - Saad

@zx8754，你能帮我删除行吗？我搜索了很多，找到了删除重复行的方法，但不是我想要的。 - Saad

请提供示例数据，这样@lukeA就可以更好地解决您的问题。 - zx8754

为了留存记录，删除代表自环的行可能会意外地删除孤立节点。更安全的做法是保留边列表不变，并使用@lukeA提到的simplify函数。 - Brooks Ambrose

2个回答

1

使用函数graph_from_adjacency_matrix将您的邻接矩阵转换成图形，并设置参数diag=F。这样可以消除自环。

- brawni

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可以查看英文原文，
原文链接

- lukeA · Accepted Answer

考虑这个示例图以及它的两个子集/修改：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- random.graph.game(10, p.or.m = 3, "gnm") + edge(7,7)
coords <- layout.auto(g)
par(mfrow = c(1,3))
plot(g, layout = coords)
plot(simplify(g), layout = coords) # remove loops and multiple edges
plot(delete.vertices(simplify(g), degree(g)==0)) # additionally delete isolated nodes

使用评论中的 OP 的示例数据：

df <- read.csv(header=F, row.names = 1, stringsAsFactors=F, text='"53","ENSG00000175104","ENSG00000175104"
"54","ENSG00000174775","ENSG00000175104"
"55","ENSG00000032688","ENSG00000027164"
"56","ENSG00000175104","ENSG00000140968"
"57","ENSG00000027164","ENSG00000041515"
"58","ENSG00000027164","ENSG00000025498"')
library(igraph)
( dfclean <- subset(df, V2!=V3) ) # remove rows where source==target
#                V2              V3
# 54 ENSG00000174775 ENSG00000175104
# 55 ENSG00000032688 ENSG00000027164
# 56 ENSG00000175104 ENSG00000140968
# 57 ENSG00000027164 ENSG00000041515
# 58 ENSG00000027164 ENSG00000025498
par(mfrow = c(1,3))
plot(graph_from_data_frame(df), edge.arrow.size = .5) # orig
plot(simplify(graph_from_data_frame(df)), edge.arrow.size = .5) # same as
plot(graph_from_data_frame(dfclean), edge.arrow.size = .5) # this one